目标 通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件，可以进行各种相关的处理和分析。 软件...
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bcftools 处理vcf文件，寻找多个vcf文件中突变的交集
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命令行中tassel的使用
tassel需要Java环境 downloads tassel_5 添加到环境变量中 命令行的tassel有很多的plugin，可以使用下面的命令查看包含了那些plugin ...
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Day3-记GWAS流程中的Tassel软件大坑
首先，不要问我昨天的笔记哪里去鸟，我只能说GWAS的论文还没看完，等我看完总结好再发上来，见谅啦。 刚到实验室，导师得知我之前在公司有分析人类WES数据的经验...
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关联分析-tassel笔记1. 过滤 /gpfs01/home/jingjing/software/vcftools_0.1.12b/bin/./vcftools --vcf ../EG5.var.f...
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GWAS全基因组关联分析：TASSEL 5.0 Windows版软件使用教程TASSEL的官方网站：https://tassel.bitbucket.io/[https://tassel.bitbucket.io/]在TASSEL的下载文件夹中......
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Tassel 命令行版本使用笔记1. 常见的基因型数据格式 1.1 Hapmap 数据格式 1.2 VCF数据格式 VCF 包含9列，从第10列开始为每个样本信息。表头##开头的为注释信息，包含了 VCF ...
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8. GWAS：亲缘关系——TASSEL&GCTA• 指在非家系群体或系谱不明确的群体中两特定材料之间的遗传相似度与任意材料之间的遗传相似度的相对值； • 材料间不平衡的血缘关系是导致标记出现非连锁相关的另一个重要原因，小家...
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GWAS分析-多个性状的manhattan组合图绘制(五)在之前GWAS分析中，我们已经学会了如何使用R包qqman对单个性状绘制manhattan图，有时会需要将多个性状的manhattan图组合到一张图中分析，今天就带小伙伴学习...
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Endnote-直接导出参考文献Endnote，一个很多研究生都听过的文献管理软件！另一个文献管理软件Citavi 6，也推荐大家使用。 【叨了个叨】 很多人只知道Endnote是个文献管理软件，但并不了解...
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ggplot2优雅的绘制饼状热图欢迎关注R语言数据分析指南 最近看到一张非常有意思的图，暂且称之为饼状热图,与corrplot所绘制的有所不同此图使用的为离散型变量，例图如下所展示；由于作者未提供原始数据，...
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CBNplot：揭示富集分析中各通路的调控关系说在前面 Immugent在之前一篇推文中：CBNplot：可视化富集通路中基因的调控关系[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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R可视化——Mantel test分析及可视化此前我们已经讲过了如何使用R语言计算两列数据相关性的分析方法，今天，我们来看一种检验两个矩阵相关关系的方法——Mantel test方法，这种分析方法可用在植物微生物...
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R语言_文件读取与保存把外部数据读入R语言里以及在R语言处理的数据导出，怎么操作以及注意哪些细节： 1.认识csv格式2.认识分隔符3.将表格文件读入R语言，成为数据框4.将数据框导出，成为表格文...
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跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图/散点图完整示例论文 Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding https://w...
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跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图及多图共享图例论文 Plasma proteome analyses in individuals of European and African ancestry identify ci...
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circlize（一）：引言圆形布局对于展示复杂多个分类、多维数据以及不同元素间的联系。Circos[http://www.circos.ca/]是一个常用的展示圆形布局图形的软件，它由perl语言编写...
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R可视化之ComplexHeatmap【一】：颜色、标题、聚类特别声明：本部分（系列）内容均来自顾祖光博士对ComplexHeatmap的介绍，仅为学习交流，尊重原创。 闲话少说，先说顾老师：顾祖光老师[https://github.c...
