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可以进行ROC分析和ROC 曲线展示的R包。 #1. 安装 #2. 数据导入 #3. ROC分析 ##3.1 使用roc()进行ROC分析 ##3.2 roc(）参数详细解...

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通常情况下，通过以下几种指标来对模型进行评价。1）区分度：采用指标C-index和ROC曲线来评价区分度，一般文章都是二选一。 C-index即一致性指数（index of ...

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前言 本文并非原创，来自多篇博文摘录。 第一节 NGS测序技术 在真正开始数据分析之前先知道我们是如何将那些原本存在于细胞中的DNA信息获取出来的——也就是测序的原理，总是有...

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以下是我昨天的运行代码： 然后输出结果为 说明代码是没有问题的。那么我编织Rmarkdown的时候就出现了一系列的问题 我回头检查了一下我确实已经安装了这个包而且也安装了他的...

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关于单因素方差分析，网上有很多方法，比如使用R语言进行单因素方差分析以及结果可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/PDbuql_ANZVu14Sk6V...

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今天上着课，突然接到消息说服务器崩了？！后面得知原因之后是由于组内有个同学不小心把内存全部占满了，导致其他同学都无法登录Linux，因此，不得不去机房把server rebo...

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数据可视化是将数据直观展示出来的一个必不可少的步骤。ggplot2是一个非常常见的绘图R包，在文献中，我们常常会看见用漂亮箱线图来展示原始数据的分布。这里我们就用一个基因表达...

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R-ggplot2-箱图系列（1） basic - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/bafbd08b28ef]R-ggp...

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注意 之前（低版本的R）Bioconductor包的安装主要通过source和biocLite来安装； 现在，BiocManager::install()是建议安装Bioco...

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今天是不用学代码利用生信软件联合“点点点”就可以取得hub基因的“白痴”实操，赶快点起来～ Hub基因（关键基因）是在生物学过程中发挥重要作用的基因，它往往在通路中为主导地位...

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前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...

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作者：taoyan链接：https://www.jianshu.com/p/b7274afff14f[https://www.jianshu.com/p/b7274afff1...

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CIBERSORT的注意事项 CIBERSORT的使用，我们举了几个例子，但是还有一些疑问，只要有疑问在，就感觉心里不踏实。比如：1.CIBERSORT需要什么样的数据？是芯...

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目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...

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GSEA运行完以后默认出图较丑，而且只是png格式，不能改字体和大小，分辨率还是可怜的96dpi，就像下面这个图，远看可以，近看不行，远达不到SCI要求。 但其实知道原理的话...

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原本以为毕业了就起飞了，没想到，喵的比没毕业还累...又鸽了仨月，这个小插件到时完善了不少，但是上次承诺的视频还是没有录。原因不说了，准备手打！ 还是写个教程为好。录视频，怕...

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首先我们必须明确今天的任务就是，把左边我们昨天画的草图精修成类似右边那样式儿的，从谷歌图片上搜的符合paper格式要求的图： 首先我们对比一下看需要修改哪里？ 坐标轴需要修改...