生信新手一枚 文章大部分是学习生信技能树的笔记 也会不断记录自己学习路上的收获和问题~~
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单因素与多因素cox分析区别
说来惭愧，跟师姐聊天的时候，我按照传统的生信思路把临床特征做风险打分，然后定义高低风险打分，接着就是标准的生存图、森林图了。在做到森林图的时候，忽然被问到，单因素与多因素的区...
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生统笔记1- 差异表达分析中的log2FC和FDRlog2FC log2FC中的FC即 fold change，表示两组样品间表达量的比值，对其取以2为底的对数之后即为log2FC。一般默认取log2FC绝对值大于1为差异基...
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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画图展示SNP位点的碱基类型论文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...
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Nat Commun&JAMA INTERN MED|浅析两篇LASSO+Logistic/Cox 套路文章Nat Commun&JAMA INTERN MED|浅析两篇LASSO+Logistic/Cox 套路文章 两篇文章分别是来自NATURE COMMUNICATIONS的E...
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Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度：某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言，随着测序深度的增加，基因种类以及可变剪接体的数目也会...
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22机器学习开放基础课程--主成分分析和聚类主成分分析和聚类 无监督学习是机器学习中的一类重要算法。与监督学习算法相比，无监督学习算法不需要对输入数据进行标记，即不需要给出标签或类别。此外，无监督学习算法还可以在没有辅...
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森林图forest plot、nomogram的解读森林图forest plot、nomogram的解读 参考1https://www.sohu.com/a/225438746_489312[https://www.sohu....
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ChIP实验操作以及Chip-seq数据分析ChIP（Chromatin immunoprecitation）是研究体内DNA与蛋白质相互作用的重要工具。 “染色质”就是由“组蛋白和DNA”组成的物质；“免疫”就是通过...
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继续来看pheatmap那些有趣的事情刘小泽写于2020.5.18上次看了热图如何去掉聚类树的同时保留聚类的顺序 ，有朋友留言给出了其他的解决方法，非常感谢！文中会给出答案另外，这次还是带着数据，去看看pheat...
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单基因TCGA的Cox森林图怎么画才好看首先调取Xena网页的TCGA数据做Cox生存分析，数据可以通过hiplot官网自主研发的ucsc-xena-shiny直接在线获取访问https://hiplot.com....
