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R与机器学习系列|15.可解释的机器学习算法（Interpretable Machine Learning）（下）今天我们介绍可解释机器学习算法的最后一部分，基于XGBoost算法的SHAP值可视化。关于SHAP值其实我们之前的很多个推文中都介绍到，不论是R...
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R学习|感受ggplot2的魅力—ggplot2复现Nature可视化（四）抽空接着更新之前的数据可视化。本次主要复现之前这篇文献的图5中的两个图，层级聚类热图和柱状图。主要用到ggplot2的基础绘图功能、pheatm...
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机器学习文献|基于循环细胞因子特征，通过机器学习算法预测NSCLC免疫治疗结局今天我们一起学习一篇最近发表在Journal for immunotherapy of cancer （IF 10.9）上的文章，Machine...
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R与机器学习系列|15.可解释的机器学习算法（Interpretable Machine Learning）（中）在上次推文中我们介绍了几种可解释机器学习算法的常见方法，包括置换特征重要性、偏依赖图和个体条件期望及其实现。本次我们将继续介绍其他的用来解释机器...
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R与机器学习系列|15.可解释的机器学习算法（Interpretable Machine Learning）（上）Machine learning is changing the world! 在之前的章节中（见 连载），我们学习了如何训练多种不同形式的高级...
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一键单多因素回归分析及ggplot2可视化回归分析结果之前的推文中多次提到过autoReg这个包，用来实现一键单多因素回归分析，同时可以导出回归分析的结果为word或ppt格式，只需要简单修改下格式...
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基于基因表达数据通过mMCP-counter估计小鼠样本组织浸润免疫和基质细胞组成引言 在生物信息学分析中，相信目前估计样本免疫细胞浸润是必不可少的。目前，在R中有多种方法可以实现上述目的，例如ESTIMATE、CIBERSO...