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回归分析中，如何回归掉（regress out）一个变量对另一个变量的影响在大尺度微生物生物地理学分析中，经常遇到环境因子和地理距离能一定的相关性，经过VPA分析发现二者有重叠的解释部分。那么，如何完全排除掉环境因子的...
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singlem,一款可以使用marker基因进行宏基因组reads分类的软件
最近偶然从一篇PNAs的文章，看到作者不仅进行了16S rRNA测序，而且通过marker基因和宏基因组bins同时计算了群落结构，对比三者发现...
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如何在linux下安装R包
之前一直在linux下用perl和python居多，对R的使用还停留在windows的Rstudio以及各种linux QIIME2等虚拟环境里...
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使用table2itol生成itol美化文件首先下载安装table2itol，可以在itol官网help的页面中搜索table2itol跳转至github下载。 github上有详细的下载...
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如何在blast结果中添加详细的物种信息
之前无论是做blastn或者是blastp都是仅仅在blast结果中显示了种属信息，没有添加详细的信息，添加种属信息很简单，只要结果里生成XML...
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避免和conda环境变量冲突---linux下环境变量的设置方法
最近用conda创建了一个新的环境，conda activate进入新环境后，查看perl和python时还是发现： /usr/bin/perl...
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在linux vim编辑器中编写python脚本
原来生信处理一直用perl，之前虽然也写过python，但是linux下缩进4个空格实在有点烦 最近又想重新拾取python，就编辑了一下vim...
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如何便捷的安装perl模块
虽然perl面向对象能力偏弱，且perl6一直为人诟病，但是仍然有许多生物信息方面的软件还是需要用到perl的 这就带来了一个问题，有时候就会报...
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如何构建kraken2个性化数据库
kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？...