常用脚本
发简信
IP属地：广东
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一些生物信息学用到的软件，工具，介绍用法安装以及以及应用的文章 🛠 测序组装使用的Spades、canu等等 🛠 序列比对比如blast、bowtie、diamond等 🛠 多序列比对比如mega、clustalW、matff等 🛠 序列格式转化的samtools、bedtools等等 🛠 可变剪接分析的rMATS、MISO 🛠 微卫星序列查找工具misa等 🛠 call peak的工具macs2 🛠 文献下载工具Sci-hub桌面版 🛠 进化树构建工具IQtree、ggtree等 🛠 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 🛠 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等 🛠 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME 🛠 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST 🛠 可视化工具比如IGV、3D Genome 🛠 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等 🛠 数据可视化的工具circos 等等
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数据挖掘、数据分析、作图
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楼上遇到问题：
1）Error in rbindlist(l, use.names, fill, idcol) :
Item 2 has 57 columns, inconsistent with item 1 which has 58 columns. To fill missing columns use fill=TRUE.
2）Error: $ operator is invalid for atomic vectors
可以通过update TCGAbiolinks版本解决，我是从2.10.5更新到2.12.6之后问题就解决了用TCGAbiolinks从TCGA数据下载到下游分析的学习笔记
前言 之前一直在用RTCGA包下载数据，看着永不更新的数据，心里总觉得怪怪的，于是下定决心重新学习一个好用的包——TCGAbiolinks。这个包调用GDC的API，应该是最...
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我也遇到过，我解决的办法就是更新TAGCbiolinks的版本，从原来的2.10.5 -> 2.12.6，就可以解决了，顺便还解决了Error: $ operator is invalid for atomic vectors这个问题。
用TCGAbiolinks从TCGA数据下载到下游分析的学习笔记
前言 之前一直在用RTCGA包下载数据，看着永不更新的数据，心里总觉得怪怪的，于是下定决心重新学习一个好用的包——TCGAbiolinks。这个包调用GDC的API，应该是最...
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