Jeffery_61cc

"切换到RNA assay，对原始的基因counts矩阵进行NormalizeData和ScaleData”， 这里ScaleData的features一定要是all.genes吗？会让整个seurat对象内存特别大欸

sctransform预处理后，如何进行差异表达分析

一、seurat执行差异表达分析 根据单细胞数据预处理的方式不同（lognormalize和sctransform），执行差异表达分析代码有所不同，这个需要注意。我当时请教过...

whitebird

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Jeffery_61cc

你好，在差异基因筛选这一步中，您是直接将assay切换到RNA然后直接使用FindAllMarkers （但我看原文的代码是又进行了NormalizeData和ScaleData），请问这两者会有影响吗？ 另外，如果直接在SCT中，使用PrepSCTFindMarkers函数是否可以直接接着FindAllMarkers？ 谢谢！

单细胞/时空文章代码复现——数据预处理及整合

在上一篇中，我们对皮肤损伤愈合文章中的损伤愈合组数据进行了伪bulk分析，接下来，我们开始正式对损伤愈合组的单细胞转录组数据进行预处理和多样本整合。本篇用到的数据来自GEO数...

Cherrieg

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Jeffery_61cc

请问最后在后台跑cellranger的时候怎么查看进度啊，好久都没有变化也不知道是否在运行？生成的文件夹是在哪个目录呢

单细胞测序上游分析-从原始数据到cellranger定量

单细胞系列教程目录索引,持续更新...[https://www.jianshu.com/p/98fc6c80c216] 为避免造成环境污染，建议使用conda创建隔离环境进行...

科研小徐

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