IP属地：上海
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R做GSEA富集分析首先感谢Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析优点是在线爬取数据，结果很可信，但是缺点也是网络问题，网络差点就要等很久，不过GSEA有自带GMT文件，因此下载好...
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TCGA 拷贝数变异（CNV）–使用maftools读取和汇总gistic输出文件（三）读取和汇总gistic输出文件 maftools : Summarize, Analyze and Visualize MAF Files[https://rdrr.io/b...
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第一步读取maf就报错了：在输入中没有发现 skip='Hugo_Symbol' （这里大小写敏感并需要是字面形式，也就是说不能使用模式，适配符或正则表达式）
TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用）
这两天“王院长”帮别人分析snv数据，顺便给我推荐了一个R包：maftools。我看了一下官网，感觉是个非常强大的R包。那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了，但都是用...
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@欧阳松 非常感谢老师😀😀这些分享我一定仔细研究，应该能搞出来～真的非常感谢～
如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count
其实有很多教程指导怎么下载count，最简单当然还有xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过...
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@欧阳松 但是我不确定是不是有些lncRNA的开头并不是linc，那样的话这样就会漏了，还请老师指点，万分感谢～
如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count
其实有很多教程指导怎么下载count，最简单当然还有xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过...
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老师我这两天看到一个说法是开头是linc的都是lncRNA，那我可以把基因名称在excel里排一下序，然后把所有linc开头的提取出来，这些就是要的lncRNA嘛
如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count
其实有很多教程指导怎么下载count，最简单当然还有xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过...
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找不到preprocessCore这个名字的程序包😭
R语言Cibersort文件获取+代码
在R语言中运行Cibersort共需要三个文件，分别是（1）官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”；（2）自己的表达矩阵；（3）Cibersort代码。 （1）LM2...
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老师，可以问一下要只下载lncRNA要怎么设置呢，data.type=“RNAseq”这里吧RNAseq直接改成lncRNAs可以嘛
如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count
其实有很多教程指导怎么下载count，最简单当然还有xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过...
