生信开荒牛 - 简书

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复现一篇WGCNA文章（含代码）（五）
前面我们已经拿到了差异表达基因以及WGCNA与肿瘤最相关的两个模块里的基因，下面我们就从这些基因中找到文章标题中的那3个关键基因：AURKA, ...

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复现一篇WGCNA文章（含代码）（四）
接下来是对WGCNA分析的yellow模块和turquoise模块里的基因分别做GO和KEGG富集分析；文章中是用R包clusterprofi...

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复现一篇WGCNA文章（含代码）（三）
找完差异基因后，现在开始这篇文章的WGCNA分析，这个分析最主要的是要得到与表型相关的基因；先看看文章中怎么做的：首先对数据进行过滤：过滤后...

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复现一篇WGCNA文章（含代码）（二）
前面我们处理了表达矩阵以及临床信息，下面开始做差异分析；首先，我们看一下文章里是怎么做的：这里让我比较疑惑的是取|logFC|>1的话，并不...

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复现一篇WGCNA文章（含代码）（一）
文章 AURKA, TOP2A and MELK are the key genes identified by WGCNA for the p...

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【Python生信编程笔记】读取文件
在Python中，读取文件分为三个步骤: 一、打开文件：open 文件句柄不是文件，而是对文件的说明。二、读取文件：有几个方法来读取文件。 r...

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【Python生信编程笔记】if、for以及while语句小例子
前面我们学习了数据类型以及if、for和while语句，下面，我们用刚刚学到的知识来编程序: 一、估计蛋白质的净电荷在固定的pH值下，可以计算...

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【Python生信编程笔记】while循环
有一条指令使while条件为假是非常重要的，否则，我们就会进入一个无限循环。退出while循环的一种方法是使用break。 Break用于脱离...

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【Python生信编程笔记】for循环
for控制结构允许重复执行代码，同时保留一个具有可迭代对象值的变量。要知道你正在迭代的可迭代对象的位置，enumerate方法将返回可迭代对象...

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