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  • scanpy 构建假细胞、随机取样和合并基因 2024-11-22

    python 将多个细胞的表达量合并成一个假细胞的表达量。 随机取样 实例 合并基因: 实例

  • Python和R开启多线程2024-09-05

    Python 控制多线程 Python的apply并行运算pandarallel模块 R 控制多线程

  • Scanpy 计算DEG格式转换 2024-09-05

    用惯了Seurat计算DEGs,使用Scanpy进行计算得到的格式会很不适应,可读性有点差,因此可以使用以下函数进行格式转换,并且根据FC进行了...

  • 记录shell常用操作 2024-08-19

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    单组火山图和多组火山图展示差异表达基因(DEGs) 2023-10-12

    前言 在各种RNA测序数据中,我们几乎都避不开差异表达基因(DEGs)的分析。我们可以用气泡图,提琴图和热图等展示不同细胞亚群或样本的差异基因表...

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    使用clusterProfiler进行基因集富分析两个函数就够了 2023-09-12

    背景 做单细胞转录组分析时,通过找差异基因可以得到很多基因集,一方面我们需要看这些基因集的相对表达量是否显著上/下调,但我们往往更关注这些差异基...

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    使用monocle3进行拟时序分析(从Seurat对象开始)2023-08-31

    适用背景 单细胞转录组分析中如果涉及到发育或具有时间序列的细胞谱系,往往需要进行拟时序分析,而最最最常用的拟时序分析软件就是Monocle,如今...

  • Linux 命令行和集群投递任务小技巧汇总 2023-08-29

    背景 记录一下平时使用Linux命令行和集群投递任务的一些小技巧(包括.bashrc的配置),后续将不断补充。 配置命令行的风格,可以根据自己的...

  • 单细胞Scanpy常用脚本2023-08-28

    前言 Scanpy是基于Python语言的类似Seurat的单细胞转录组分析工具,本文汇集了Scanpy的常规操作。 加载模块和设置 读入矩阵 ...