首先非常感谢Cj大神开发出来的TBtools生信工具，为生信分析做图带来了极大的便利。作为生信小白，在做多物种间共线性分析时，尝试了多种方法，苦于没有计算机基础，一直没能完成...
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零基础多物种间共线性分析 -
选择压力分析，从序列下载到结果绘图选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频率(Ka)和同义突变频率（Ks）之间的比例。 一般认为，同义...
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RNAseq005 转录组入门(5)：序列比对1 比对的目的 1.1 差异表达基因只需要确定不同的read计数，可以用bowtie, bwa这类比对工具，或者是salmon这类align-free工具，并且后者的速度更快...
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RNAseq004 转录组入门(4)：参考基因组下载1 参考基因组 以下内容主要参考jimmy大佬的生信技能树及生信菜鸟团公众号 1.1 【直播】我的基因组（五）:测试数据及参考基因组的准备 这个对新手来说，是一个很大的坑，h...
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RNAseq003 转录组入门(3)：了解fastq测序数据1 基础了解 NGS008 测序常用名词NGS009 生信常用数据格式NGS010 测序数据质控 2 fasta与fastq 一般NGS测序数据均为Fastq格式FASTQ格...
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RNAseq001 转录组入门(1) ：资源准备主要参考生信技能树RNA-seq基础入门 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html 1. 系统准备 Win10自带Ubun...
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RNAseq007 转录组入门上游分析全流程
传送门： RNAseq006 转录组入门(6)：reads计数RNAseq005 转录组入门(5)：序列比对RNAseq004 转录组入门(4)：参考基因组下载RNAseq0...
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没钱买KEGG怎么办？REACTOME开源通路更强大
之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome（https://reactome.org/）， 那些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品，他的主要功能还...
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TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具无论是Windows，MacOS, Linux桌面的用户，你都可以也会使用。 写在前面 伴随基因组测序的普及，越来越多物种的基因组测序项目开展并报道，为科研工作者提供了更为全...
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Ka/Ks分析与纯化选择negative purifying selection、中性进化neutral evolution、正选择positive selection的关联含义
ω = dN/dS, the ratio of nonsynonymous/synonymous substitution ratesdN/dS就是Ka/Ks，非同义替换率/...
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用MEGA软件构建NJ树（Neighbor-Joining）MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遗传分析 MEGA是一款操作简单的系统发育分析软件。 NJ法构建的树...
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如何在NCBI批量下载基因家族序列？在做生信下游基因分析的时候，我们通常需要下载兴趣基因的序列信息构建进化书什么的，如果兴趣基因比较少，那么可以直接在NCBI上搜索这个基因下载序列。但如果兴趣基因很多，如果逐个...
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基因家族生信分析基础，基础到教你序列下载的那种基础！（一）写在前面：首先这是一门售价为 0.01 元的视频课，应该买不了吃亏和上当哈~而且和我本人没有任何关系，单纯觉得还蛮有用，推荐一下哈~ 具体课程目录举例见下图，都是基础中的基础...
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1.GWAS：原理与目的全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study， GWAS）是以连锁不平衡（LD）为基础，利用全基因组范围内群体中高密度的分子标记，鉴定与复杂性...
