工作中需要使用多台服务器，每次都要修改bashrc文件，来配置服务器使其使用起来顺手，配置文件如下
发简信
IP属地：四川
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单细胞分析---测序文库拆分 (Demultiplexing)对于所有数据类型，”文库拆分”涉及从一端或双端短序列中识别和移除细胞条形码序列 (cell barcode)和UMI。如果提前知道加入的细胞条形码，比如数据来自基于PCR板的...
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samtools view -f 4
从bam文件中提取未比对上的reads——so easy!
前段时间送去测序的实验数据拿回来了，然后做完比对之后发现unique_reads比对率不够理想，确保分析数据过程中没有出错的前提下，个人认为实验过程中可能有污染。所以需...
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这个是GEO数据库内对每个样本的描述
Bioconductor分析芯片数据并提取差异表达基因
分析基因芯片的数据，提取出差异表达的基因这次试验的数据来源于文献：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE...
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BSgenome 构建自己的参考基因组1. 目的 最近在某个分析的时候，需要BSgenome object，然而我的物种不是常见的物种，是自己组装出来的多倍体物种，因此没法用已有的BSgenome参考基因组，...
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一键完成单因素方差分析及可视化的R脚本脚本有五个参数 -f:输出的数据，第一列是样本名，第二列是自变量也就是分组信息，第三列至以后就是因变量，就是分组效应 -d:因变量的列名 -i:自变量的列名 -t:选择可视化...
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堆叠柱状图各成分连线画图的R脚本18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化》[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz...
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数据在前面的文章应该有
第二次RNA-seq实战总结(3)-用DESeq2进行基因表达差异分析
DESeq2是一个用于分析基因表达差异的R包，具体操作要在R语言中运行1.R语言安装DESeq2 2.载入基因表达量文件，添加列名 3.数据整合 4.对基因进行注释-获取ge...
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TBtools基因家族分析详细教程（1）写在前面：非常感谢CJ开发出如此强大的TBtools工具，作者详细讲解了基因家族的分析过程和意义，课程购买地址，讲的很棒，可以试听。 一共分为4个部分TBtools基因家族分...
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将多个样本的vcf文件转化为Phylip输入格式的python脚本在分析变异过滤得到SNP时，一般都会用PHYLIP构建NJ进化树 但是phylip又不能直接把vcf文件作为输入文件，它的输入格式要求如下 第一行的两个数字分别为样本数和SN...
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外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素
卵巢早衰（Premature ovarian failure POF）通常是指女性40岁之前闭经（原发性或继发性），约1%-4%的女性患有此病，症状表现为低雌激素症状（即潮热...
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改善mosdepth输出结果的python脚本
mosdepth是一个用于计算测序深度的软件使用方法可参考下面这篇文章https://www.jianshu.com/p/6bd56cd8d59e[https://www.j...
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分子生物学实验杂谈01
说明书背后的基本原理 对于初步接触分子生物实验的同学，给出几点建议： 首先是跟着实验室的师兄师姐学习经验，经验往往是数次实验成功或失败的经验总结。 认真研读产品说明书，这是一...
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全外显子测序(wes)数据分析详细流程(小样本)
如果想看大样本的数据处理分析流程请移步总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes)(大样本727个) 分析流程目录如下： 1 wes相关软件下载与安装并添加环境变量2 下载GA...
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将Marker与多个物种blast结果输出位CSV文件的python脚本
我们很多Markers通过本地blast比对到多个物种的基因组上，来确定marker在不同物种基因组上的位置，为了方便查看结果，因此我写了一个脚本，只需要输入Markers文...
