现在我们已经具备采用pysam模块统计比对信息的知识了，这里我们编写一个程序来统计BAM/SAM文件的信息并使用samtools flagstat进行验证。 NA12891_...
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71. 《Bioinformatics Data Skills》之使用pysam统计比对信息
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生信实用工具：快速的多线程分割bam文件工具
前言 如果对较大的bam文件进行操作时，往往相当耗时，所以将一个很大的bam文件分割为几个较小的bam文件，在并行进行分析可以大大缩短所需要的时间。通常来说分割的方法是用ba...
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samtools常用命令详解
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具集合。 1. view view命令的主要功能是：将输入文件转换成输出文件，通常是将比对后的sam文件转换为bam文件，...
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能，...
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利用python中的pysam模块做一些简单的数据统计（BAM文件）说点闲话 起因是因为有个朋友问我能不能处理BAM文件，我找了一下python的确有处理BAM文件的模块，在没有搞清楚能不能做的情况下，我说可以没问题，这B可装上了天。然后，这...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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awk常用功能--持续更新
1. awk命令实现文本内容行列转化 awk -F '\t' '{for(i=1;i<=NF;i=i+1){a[NR,i]=$i}}END{for(j=1;j<=NF;j++...
个人介绍
简书是我在学习别人东西的过程中记笔记的地方，以便自己不断查阅复习，同时通过不断的输出来暴露自己的短处从而不断的进步。大家留言问的问题我都看到了，没有回复是因为自己学艺不精不能准确答复，望谅解~