Backgroud APA（alternative polyadenylation）在大多数人类基因的转录后调控中发挥着重要作用。通过使用不同的多聚腺苷酸化(poly(A))...
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DaPars——APA分析3’UTR
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IsoformSwitchAnalyzeR 可变剪切分析曾经我用 rMATS 进行可变剪切分析，现在我觉得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香。 IsoformSwitchAnalyzeR 功能总结如下。 In su...
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基因家族分析（5）：基因家族基因结构可视化本文主要工作：对SBT基因家族的基因结构进行可视化呈现 4.2 基因结构可视化 可视化基因结构，无非就是展示基因区域的组成：3’,5’-UTR，exon或展示CDS，intr...
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GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 参数（能区分正反链...
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TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具无论是Windows，MacOS, Linux桌面的用户，你都可以也会使用。 写在前面 伴随基因组测序的普及，越来越多物种的基因组测序项目开展并报道，为科研工作者提供了更为全...
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微生物组16S rRNA数据分析小结: vsearch
本次笔记内容：vsearch超简介绍install vsearch (linux)常用command vsearch超简介绍 usearch的可靠替代，代码开源，没有数据量大...
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利用minimap2和samtools简化目标基因组拼接
最近打算测一些干燥材料和标本材料的浅层基因组，有些材料降解严重，拼接的过程可能会比较困难。由于我们的目标主要是转录组的数据，所以试试看能不能在拼接之前将与转录组无关的序列直接...
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一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，装着……大大的疑惑 全文2800字，伤脑筋…… 今天尝试把自己对于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 这个问题的理解给...
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全长转录组分析-小麦前言 近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下 全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRT cell）,凭借超长读长的...
