基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
IP属地：上海
-
如何对基因组序列进行注释 -
GATK4插件Mutect2参数解析作者按 最近在准备着换一个职业赛道，所以在做之前所有项目的回溯，遇到了最最基础的SNV+Indel的流程，给别人重新讲了一遍Mutect2的过滤规则和参数选择，发现这个，含金...
-
sed替换
-n 输出带指定字符的所在行 指定行数区间输出eg：输出test文件中的第10行和第20行sed -n '10,20p' test eg：将所有的x变成Xsed 's/x/X...
-
单细胞综述之整合分析文章发表于nature review genetics：Integrative single- cell analysis，作者是Tim Stuart与Rahul Satij...
-
TSCAN ||基于分群结果的单细胞拟时分析工具TSCAN: Pseudo-time reconstruction and evaluation in single-cell RNA-seq analysis 单细胞分析工...
-
实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据（尤其是超过250k的细胞量），即使在服务器当中运行，Seura...
-
WGCNA、生存分析、ROC共同筛选biomarkerBiomarker有助于疾病诊断、判断疾病分期或者用来评价新药或新疗法在目标人群中的安全性及有效性。此前小编给大家解读了一篇针对过敏性哮喘疾病，利用WGCNA，鉴定关键模块和...
-
当我们在说RNA-seq reads count标准化时，其实在说什么？基因表达标准化Normalisation 我们在比较不同样品不同基因的差异表达情况时，期望表达水平分布符合统计方法的基本假设，但由于测序深度和基因长度的不同，直接使用原始co...
-
三元相图怎么看怎么画（附R代码示例）什么是三元相图 三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。在群体遗传学中，它被称做Fin...
