分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果说常规的遗传学主要的研究对象是...
发简信
IP属地：湖北
-
群体遗传学与重测序分析 -
gatk-4.1.9.0/gatk VariantFiltration warnings
15:55:13.094 WARN JexlEngine - ![0,14]: 'ReadPosRankSum < -8.0;' undefined variable Re...
-
群体适应性分析——选择信号●选择信号：生物在自然选择或人工选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的遗传多态性降低、连锁不平衡等选择印记。●选择性清除（selective sweep）：受选择基因座位的...
-
都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件[https://www.jianshu.com/p/a8d70b66794c]， 详细介绍了fastq-dump的用法...
-
转录组分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2视频课程链接已经公开, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
-
-
BUSCO - 组装质量评估BUSCO - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 额。直译的话就是普遍通用的单拷贝直...
-
全长转录本SSR预测
SSR-简单重复序列预测（MISA） MISA是使用 perl 编写的一支程序，能识别出序列中的微卫星和复合微卫星（两个微卫星之间由由不多于100bp的碱基对隔开），并给出其...
-
全长转录本结构分析（下）
作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica 前面我们介绍了PacBio三代全长转录组测序相关的全长转录本鉴定、全长转录本比对、全长转录本结构分析上篇。 今天我们继续介绍包...
-
使用DSS做差异甲基化区域（DMR分析）
DSS是一个可用于做RNA-seq差异表达分析或甲基化差异分析的R包，在做差异甲基化分析时，DSS对每个CpG进行统计检验，然后根据我们指定的阈值可以筛选出差异甲基化位点（d...
-
基因组组装—SOAPdenovo2的使用一、简介 SOAPdenovo2是用于short-read组装的软件，能够组装出类似人类基因组大小的de novo草图。SOAPdenovo主要用于大型植物和动物基因组的组装...
-
用ANNOVAR自建数据库注释基因组
annovar简介 在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在call snp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而annovar官网提供的注释库...
-
-
-
三代测序技术：纳米孔测序简介 官网：https://nanoporetech.com/[https://nanoporetech.com/] 优势如下： Direct sequencing of n...
-
-
jellyfish:快速计算kmer分布
欢迎关注"生信修炼手册"！ jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布，它运行速度快，内存消耗低，支持并行，是最常用的kmer统计软件之一。 官网如下： http:...
