发简信
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2. DESeq2差异基因分析（Python）用上一篇生成的merged_gene_counts.txt的基因raw counts文件进行差异分析，python环境，利用DESeq2工具。 安装必要的库 读取数据，构建实...
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5. 表达矩阵预处理（Python）
第4篇中生成的表达矩阵存在几个问题： 因为是基于转录本比对，所以“Gene_id”一列会出现一个基因多个转录本的情况； 存在大量的4组count都为0的基因行。 在pytho...
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3. Nanopore三代测序转录本比对基因组比对的结果显示比对效率非常低，现在用转录本比对，比较一下二者的差异。 且基因组比对一般适用于：新发现的转录本（novel transcripts）或可变剪切（alter...
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2. Nanopore三代测序fastq基因组比对因为预处理会过滤掉90%以上的reads，所以分别用原始数据和过滤后的数据进行基因组比对，看是否有差异。 一、先用未经过预处理的fastq文件进行比对（Test） 查看文件里...
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1. Nanopore三代测序fastq数据预处理千里之行，始于足下。 本次处理的fastq文件是通过对细胞系进行RIP实验后，经建库并在nanopore单分子测序仪上测序获得的，处理的方式按NGS常规方法处理，本人系初学者...
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Day7-2：条件和循环
日拱一卒。 1. 隐式循环 apply()函数：矩阵/数据框返回的结果是向量 lapply：向量/列表返回的结果还是列表 2. 两个数据框的连接 inner_join：只能取...
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Day7：条件和循环天才是用劳动换来的。——童第周 1. if条件语句 基础语法 {}的代码，可以被折叠 代码习惯：全选运行 source() 在不打开脚本的情况下直接运行脚本 if…else…...
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Day6-2：如何编辑字符串，数据框
心专才能绣得花，心静才能织得麻。 1. 玩转字符串 stringr包 （1）str_length （2）str_split 按照分隔符拆分字符串 复习：矩阵只允许一种数据类型...
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Day6：R语言做图今天应做的事没有做，明天再早也是耽误了。——裴斯泰洛齐 1. 基础包 高级绘图函数 低级绘图函数 2. ggplot2 示例： 如何区分color和fill两个属性 空心形状...
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Day3：数据框、矩阵和列表我们只是世界的一小部分，静下心来研读自己、关注自己需求，才能活好自己。 ——阿德勒 matrix 矩阵-二维，只允许一种数据类型 data.frame 数据框-二维，每列只允...
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Day1：R语言基础
默默守望，风送来晨曦。——《如风吹过》 词：李俊伟 1. 软件准备和界面识别 R语言旧版本，最好卸载重新安装，而不是进行版本更新 R是一种编程语言，Rstudio是R语言的集...
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