BAM文件flag记录 1：该read是成对的paired reads中的一个2：paired reads中每个都正确比对到参考序列上4：该read没比对到参考序列上8：与该...
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samtools Bam文件常用操作
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单细胞测序GSVA基因集变异分析GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集 基因集变异分析即GSVA（Gene set variation analysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用...
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单细胞测序细胞类型鉴定——肥大细胞肥大细胞特性 肥大细胞（mast cell），发育源于骨髓CD34+前体细胞，广泛分布于皮肤及内脏粘膜下的微血管周围，组织中肥大细胞不多，是连接神经系统和免疫系统的桥梁。 形...
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ComplexHeatmap相关性分析绘制热图加载包、数据 使用Hmisc包rcorr()函数计算一个矩阵的所有可能的列的皮尔逊或斯皮尔曼相关系数，对于大量的基因数据，该方法非常快。ComplexHeatmap制作热图。...
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GEO RNAseq与chip seq数据整合
GEO数据有芯片数据，也有RNAseq数据，芯片数据一般是经过背景校正、标准化过的。如果表达量较小，说明是经过log2转化。 RNAseq数据有counts矩阵，也有FPKM...
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STAR序列比对（测试支原体污染序列）转录组测序发现唯一比对率特别低，进一步将未比对到参考基因组的序列提出来比对到NCBI NT库。发现多数序列比对到了Mycoplasma hyorhinis，怀疑是支原体污染，...
