kraken 是微生物组分析进行物种分类的工具，目前已经是第二代 kraken2 了。kraken2 对比 kraken 重点优化了数据库创建速度和数据库大小，以及分类速度。...
IP属地：内蒙古
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kraken2 微生物物种分类 -
2022新版TCGA数据下载与整理2022年4月份TCGA进行了更新，测序数据变成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，现在变成star_gene_counts....
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python将fasta文件均分
step1：将fasta均分为N个文件，每个文件序列数目相等 参考这篇文章：https://blog.csdn.net/whiteof/article/details/123...
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使用trim_galore对数据进行质量控制-过滤写在前面参考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]参考2[https://www.jianshu.com...
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第三章 微生物组数据统计分析简介3.1人类微生物组数据研究的主题和统计假设 目前的微生物组研究主要有两个主题：(1)描述微生物组特征与生物、遗传、临床或实验条件之间的关系；(2)确定与微生物组组成相关的潜在...
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BWA比对及Samtools提取目标序列
今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools： bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法：backt...
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Kraken使用手册
Introduction Kraken 是可将分类标签分配给DNA序列的一种序列分类器，是基于k-mer精确比对，并采用最低公共祖先(lowest common ancest...
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
