R内置基本配色 R自带的grDevices包含有以下调色板： R中色彩相关的函数 使用RColorBrewer包配色 使用colorRampPalette()函数可以扩展颜色...
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LD连锁不平衡--PopLDdecay在群体遗传学分析中，我们经常会碰到关于连锁不平衡的问题，当然计算连锁不平衡的软件有很多，包括plink2、haploview等，今天在这里给大家分享一个计算连锁不平衡的软件-...
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CellRanger使用学习
本文参考多篇简书教程（请查看本文最后的参考资料） 安装 可查看10xgenomics官网安装教程 下载参考基因组数据 可直接下载10xgenomics官网提供的已构建好的索引...
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环境配置笔记12-解决SeuratData包InstallData()无法安装数据集
近期Seurat官网国内上不去，因此在服务器上也无法使用SeuratData包的InstallData()函数，有以下报错： 因此使用自己的电脑在RStudio中下载数据集，...
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不存在叫‘BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38’这个名字的程辑包
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38是生信技能树TCGA课程中讲到的需要使用的一个R包，所以我装了一个，发现这个包十分不好安装，现记录过程如下，方便后续使用...
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seurat-SCTransform()解析-01satijalabsctransform包的github网址：https://github.com/ChristophH/sctransform[https://github...
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单细胞转录组数据分析||Seurat并行策略随着单细胞技术的成熟，单细胞数据分析往往不再是单个组织样本，这有时候在计算（资源与时间）上是一个挑战。为此，Seurat也提供了可以探索的并行策略。鉴于入门单细胞数据分析的同...
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2021-05-26 单细胞分析之harmony与Seurat参考：生信会客厅 harmony原理 Harmony需要输入低维空间的坐标值（embedding），一般使用PCA的降维结果。Harmony导入PCA的降维数据后，会采用so...
