发简信
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「数据整理」使用tidyr包和dplyr包进行数据清洗最近处理扩增子数据，很多数据需要转化整理，从而适用于ggplot2系列的可视化工作，之前常常在Excel表格中手动整理，今天记录写一下使用tid...
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「数据整理」处理fasta文件的简单命令
1. 将fasta中的header name替换为对应的fasta文件名 2. 提取fasta文件第一条序列信息 3. 批量修改文件名
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「数据整理」将含有两列数据的table转为二进制矩阵数据
1. 修改的需求 2.在R中实现目的
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「数据整理」批量修改fasta文件的headers name
在使用一些生信软件前，你需要将你自己的数据整理成软件要求的格式，软件以及流程跑完了产出的文件，也需要整理成你自己想要的格式，以便于你将结果投喂给...
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「生信软件」好用的细菌基因组组装与注释软件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 细菌基因组组装最佳软件(主观感受)，可进行二代组装，三代...
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使用ggplot2绘制菌群组成堆叠图堆叠图主要看不同菌群在该样本中的相对比例，把每个样本的情况或者每个处理组的情况展示出来，可以大致看出样本的重复性好坏和不同处理间的某些菌群变化趋...
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向ggplot2图中添加系统进化树并共享y轴最近做细菌比较基因组学分析，跑了一下Roary软件，出来了一些结果和图，看了看Roary软件github上的作图代码，使用的python语言对系...
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使用plasmidID软件组装细菌质粒(reference-based方法)
细菌质粒相比较于细菌染色体基因非常容易发生水平转移，质粒可从环境中获得质粒或丢失掉。质粒的存在往往有利于细菌的生存，，质粒上常常带有抗生素抗性基...
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16S rRNA扩增子之alpha多样性结果可视化(分面和拼图)数据的分析和可视化工作没有止境！ 1. alpha多样性数据导入和整理 数据来自公司给的alpha多样性指数数据表格，主要包括Observe，C...