在使用SnapGene进行质粒构建、引物设计、片段扩增时候，你是不是也遇到如下令人头疼的问题： 序列导入SnapGene后，软件自动识别的元件Common Features有...
发简信
IP属地：天津
-
如何获取质粒上的特征元件 -
实验室用过sacB pheS和codA作为负筛标签。 启动强度很重要，太强了对宿主又负担，弱了筛选效果不好。
基于pheS*负筛选标记的细菌无痕编辑
阅读文献可以拓宽学术视野，而深挖复刻文献数据，有助于实验开展的更加顺利。知是行之始，行是知之成，“知行合一”，方能游刃有余。有感于此，正式开启本人的“文献掘坟”之旅！ 今天来...
-
基于pheS*负筛选标记的细菌无痕编辑阅读文献可以拓宽学术视野，而深挖复刻文献数据，有助于实验开展的更加顺利。知是行之始，行是知之成，“知行合一”，方能游刃有余。有感于此，正式开启本人的“文献掘坟”之旅！ 今天来...
-
GATK Best Practices for RNA-Seq前言 GATK是由Broad institute开发的用于变异检测(例如: SNP, Indel等)高通量测序数据. 目前GATK已经被广泛应用于人类以及哺乳动物从WGS (...
-
测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...
-
@是团子呀 基因组组装水平肯定影响注释结果，大量片段没组装出来或者错误组装会严重影响注释结果，我只做过细菌基因组组装。
「生信软件」好用的细菌基因组组装与注释软件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 细菌基因组组装最佳软件(主观感受)，可进行二代组装，三代组装以及二代三代混合组装。 2...
-
Shell三剑客 与 核酸序列写在前面：我是想着给课题组师弟师妹们培训出的一些例题。哈哈哈，没想到也难到了自己，因此花上了一些时间思考着这些平时我们用python或者其他现有的软件实现的功能，如何用三剑客...
-
@是团子呀 肯定有影响
「生信软件」好用的细菌基因组组装与注释软件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 细菌基因组组装最佳软件(主观感受)，可进行二代组装，三代组装以及二代三代混合组装。 2...
-
2022-02-01新年愿景
2022年，将是我博士的收官之年将投稿的论文尽快发表出来，达到博士毕业的硬性条件。同步地，近期将测序文章修改完毕再投出去，做一个保底的准备。年后将近期做的另外两个miRNA功...
-
电泳条带灰度定量分析及图形展示本文主要是解决sgRNA体外切割活性效率的评估及图形化展示。 软件： Gel-Pro Analyzer ImageJ 一、Gel-Pro Analyzer分析 启动Gel-P...
-
RNAi干扰真的能适用所有基因吗？苦苦研究了那么久没有效果，别人却能做出似是而非的效果，而且还发表出来了。真是妙哉妙哉！ 卵巢效果这么好，统计的表面积都显著降低。 但是，产卵统计竟然没有差异，这么矛盾的实验结...
-
Endnote修改符合杂志要求的参考文献格式Author: Junfei XieDate: 2021-08-18 本文是我在撰写文章手稿时候，自学或摘录的Endnote零碎知识点，虽然网上关于Endnote的指南文章甚...
-
磁珠法核酸纯化的半自动化实践本文是基于笔者核酸纯化经验和对自动化的理解，整理并优化的核酸纯化Protocol，配以真空吸液系统，可以实现高效率的核酸纯化操作，是相对较为简单、高效、经济的核酸纯化方案。姑...
-
2021-10-09 miRNA 荧光原位杂交技术（FISH）
Author: Junfei XieDate: 09-10-2021 组织解剖及预处理： 实蝇冰上麻醉，放入75%酒精中消毒3分钟，然后转入PBS清洗； 清洗干净的果蝇放入盛...
-
一步步教你NCBI_SRA上传测序数据测序文章在审稿期间，审稿人往往需要作者上传原始数据至NCBI。而搜索引擎搜到的参考资料甚少，不得不边摸索边总结，几番倒腾终于上传成功。今天小编把经验用图文展示，手把手教你，一...
-
了尘兰若的小坑上线啦
个人博客维护了有几年了，终于买了自己的域名，www.liaochenlanruo.fun。 Fun代表有趣，就是玩！ 边玩边学，对，博客主要是生信文，微生物基因组，比较基因组...
-
2021-10-07 ggplot2进行图形化操作之缩放1. 控制图形范围 控制图形范围的方法有3种： 调整绘图所用数据； 设置标度范围； 在coord_cartesian()函数种设置xlim 和ylim参数值。 用mpg数据演...
