笔记内容：由二代测序产生的序列数据（fastq格式）到物种丰度的OTU table， 样本群落距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的分析结果，为常规分析流程。...
发简信
IP属地：青海
-
微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table -
Aspera——碾压prefetch命令的存在, 利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据本节简单介绍Aspera安装和使用，并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法，通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃 前言：我们下...
-
基因组组装----SOAPdenovo21.基因组组装的流程 基因组组装的大概流程如下： (1) 测序得到raw reads序列。 (2) Reads质量评估。 (3) 原始reads质控。 (4) 选择合适的参数...
-
测序中加入Phix的作用
转自http://www.zxzyl.com/archives/789 测序中加入Phix的作用 测序建库的时候，会加入一定比例的Phix，那么Phix文库有什么作用呢，我转...
-
16S扩增子之Vsearch使用
1.概览 2.PE reads拼接（fastq_mergepairs） 3.质量控制（fastx_filter） 去冗余与聚类生成OTUs或降噪生成ASVs（derep_fu...
-
-
为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小
测序数据比对结果 BAM 文件用 samtools 进行 sort 之后发现体积变小了...当时怀疑是不是 sort 过程中有一部分 reads 被丢弃了？于是统计了一下原始...
