发简信
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2019-10 文献阅读报告
十月文献阅读记录 文献阅读一 Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a...
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Seurat使用教程（v3.0）Seurat使用教程（v3.0） Seurat是一个分析单细胞转录组数据的R包，用于QC，分析和探索单细胞RNA-seq数据，相关资料如下： 参...
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bamdst安装及使用
得到测序文件进行比对后经常需要对bam文件进行覆盖深度、靶向捕获效率的统计分析进行初步质控。这里介绍一个输出结果比较多的软件bamdst，bam...
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breakdancer软件检测的SV变异用annovar注释
首先，使用ALLbio软件下的breakdancer2vcf.py转化breakdancer得到的out文件GitHub地址：这里代码如下： 复...
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SV变异检测软件（2）-CREST的安装及简单使用
CREST安装 CREST是基于Split Read原理对SV结构变异进行检测的一个软件。Github地址：https://github.com...
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SV变异检测软件（1）-breakdancer的安装及简单使用
小的Indel（Insertion 和 Deletion），指的是在基因组的某个位置上所发生的小片段序列的插入或者删除，其长度通常在50bp以下...
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Qualimap安装及简单使用
对于高通量测序后的文件要进行质控QC有多个软件可以完成，包括最开始的fastqc以及对sam/bam文件的质控如：samtools、mosdep...
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【Linux小笔记】无root权限时如何安装软件
在服务器上经常遇到需要安装某个软件包的时候发现需要root权限才可以执行编译以进行安装。那么除了向管理员申请superuser的权限这样比较麻烦...