相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...
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单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC -
【ATAC-Seq 实战】四、计算插入片段长度，FRiP，IDR值与deeptools可视化这里是佳奥！ 2022年的最后一天，让我们继续ATAC-Seq的学习！ 1 计算插入片段长度 非冗余非线粒体能够比对的fragment、比对率、NRF、PBC1、PBC2、p...
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protocol-使用CRISPR-Cas9系统进行基因编辑（一）Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system 最近要开始学习CRISPR-Cas9实验，对着动辄几十页的说明，实在是看不下去...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
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Trimmomatic 安装及初步使用
mkdir Trimmomatic#新建文件夹 cd Trimmomatic#进入文件夹 wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/...
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SRA Toolkit - prefetch 快速下载NCBI SRA数据sratoolkit 是NCBI提供的用于处理来自SRA 数据库测序数据的一个工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下载 首先，下载最...
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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UCSC官网下载TSS.bed文件1.进入UCSC官网（ 2.进入table browser工具后进行选择： track里可以选择NCBI RefSeq或者UCSC gene，这里选了NCBI group一般...
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scCancer包：自动分析肿瘤单细胞转录组利器scCancer包是2020年 清华大学Jin Gu团队开发的一个专门用于分析肿瘤单细胞转录组的工具包。它集成了单细胞数据分析的基本流程(Seurat)，增添若干适合肿瘤数据...
