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  • 关于修改Seurat对象中的样本名(多样本混合)

    适用于多个样本合并分群之后想要再次修改样本名称

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    pySCENIC

    pySCENIC is a lightning-fast python implementation of the SCENIC pipelin...

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    SCENIC—Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering

    SCENIC是一种基于单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具 这里介绍的步骤方法是针对在R环境中(GENIE3),主要是...

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    Monocle拟时间分析

    Monocle可以进行下面三种类型的分析,可以与seurat无缝连接: 1 对细胞进行聚类、分组和计算;2.进行拟时间分析;3.差异表达分析; ...

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    Tutorial for the WGCNA package for R

    I. Network analysis of liver expression data from female mice: finding m...

    3.0 7947 1 23
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    画一个有标签的火山图—标出显著变化的基因

    参考:ggplot2绘制火山图实例 还可以添加title 用点的面积表示abs(logFC)的大小

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    Biological theme comparison—画出多样本比较的KEGG图

    参考1:听说你也在画dotplot,但是我不服! 参考2:Statistical analysis and visualization of f...

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    Seurat:Integrating stimulated vs. control PBMC datasets to learn cell-type specific responses

    说明:仅根据官网指南加个人理解,目前官网上发布了3.0版本的指南,下面内容是2.4版本,内容上有些许出入。 整合分析的目的: 1. 鉴定在两种数...

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    Seurat:Guided Clustering Tutorial

    说明:仅根据官网指南加个人理解,相应图片参考官网(目前官网上最新的Tutorial已经更新成Seurat3.0版本,下面的流程是2.4版本,有些...