分子进化学（即在分子水平上对生物进化过程的研究）始于20世纪60年代，近20年来由于分子遗传学资料的迅速积累，其重要性日益突出，成为计算生物学和生物信息学等新兴学科的重要组成部分，是生命科学中最引人注目的领域之一。进化遗传学、分类学、生态学、基因组学等对分子进化方法的需求自不必说， 即便是病毒学、 生物化学和发育生物学等实验生物学领域现在也离不开应用分子进化的方法和软件来分析解释自己的资料。
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