画地图 热点图 软件 pyecharts 用python运行 方法： （1）点热力图 >>>from pyecharts import Geo >>>hubei=["安陆市"...
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2021-06-12 pyecharts -
你好，请教下，snpEFF我用来注释鸡，结果发现基因间区的snp数量只有20％，比不上基因内的数量，这结果不对，但不知道如何解释
使用snpEff对VCF进行注释
使用snpEff分为两种情况，一种是snpEff已经构建了相应的数据集（例如人类和小鼠），另一种是则是snpEff未提供相应的数据集（例如自己组装的基因组） 情况1: 我们可...
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基因间区的数量太少了，很不正常怎么解释呢
SnpEff结果解读
SnpEff结果文件的解读 根据上一篇简书中SnpEff结果产生的4个文件进行解读 第一个文件：positive.snp.eff.vcf 其实positive.snp.eff...
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2021-01-13 画snp连锁图
library(LDheatmap) library(grid) CEUSNP2<-read.table("C:\\Users\\Administrator\\Desktop...
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2021-01-05 鸡样品count计算fpkm
鸡样品进行转录组测序后，将count文件转换成fpkm方法 featurecount得到all.id.txt（count数据）后， 计算要满足3个参数： 1. 基因上的cou...
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2020-11-21
conda安装成功以后，安装软件出现 HTTP网络连接错误，解决办法就是： 首先打开 ~/.condarc, 将channels中最后一行 " 默认” 删掉 。完成！
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2020-11-12
wget 下载方法 1. -O 下载 新建文件名 wget -O xxx.zip URL 2. -c 终断重新下载 3. -b 后台下载 4. -i 多个文件下载（创建文件，...
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基因组浏览器IGV实践IGV( Integrative Genomics Viewer)是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。 软件安装软件下载,运行需要 Java 的运行环境。 优点满足...
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很棒，文中的近交系数公式计算有问题
群体中的Fst值-学习篇
这里有一份群体的学习课程，这篇推送主要基于这个作为参考，群体课程[http://www.uwyo.edu/dbmcd/popecol/index.html]Fst值[http...
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FST主要用在两个群体比较，多群体也可以用吧
群体遗传学统计指标——群体间分歧度检验（Fst）
基本概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。用于衡量种群分化程度，取值从0到1，为0则认为两...
