画地图 热点图 软件 pyecharts 用python运行 方法: (1)点热力图 >>>from pyecharts import Geo >>>hubei=["安陆市"...

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你好,请教下,snpEFF我用来注释鸡,结果发现基因间区的snp数量只有20%,比不上基因内的数量,这结果不对,但不知道如何解释
使用snpEff对VCF进行注释使用snpEff分为两种情况,一种是snpEff已经构建了相应的数据集(例如人类和小鼠),另一种是则是snpEff未提供相应的数据集(例如自己组装的基因组) 情况1: 我们可...
基因间区的数量太少了,很不正常怎么解释呢
SnpEff结果解读SnpEff结果文件的解读 根据上一篇简书中SnpEff结果产生的4个文件进行解读 第一个文件:positive.snp.eff.vcf 其实positive.snp.eff...
library(LDheatmap) library(grid) CEUSNP2<-read.table("C:\\Users\\Administrator\\Desktop...
鸡样品进行转录组测序后,将count文件转换成fpkm方法 featurecount得到all.id.txt(count数据)后, 计算要满足3个参数: 1. 基因上的cou...
conda安装成功以后,安装软件出现 HTTP网络连接错误,解决办法就是: 首先打开 ~/.condarc, 将channels中最后一行 " 默认” 删掉 。完成!
wget 下载方法 1. -O 下载 新建文件名 wget -O xxx.zip URL 2. -c 终断重新下载 3. -b 后台下载 4. -i 多个文件下载(创建文件,...
chicken参考基因组下载网址:ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-101/fasta/gallus_gallus/dna/
IGV( Integrative Genomics Viewer)是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。 软件安装软件下载,运行需要 Java 的运行环境。 优点满足...
很棒,文中的近交系数公式计算有问题
群体中的Fst值-学习篇这里有一份群体的学习课程,这篇推送主要基于这个作为参考,群体课程[http://www.uwyo.edu/dbmcd/popecol/index.html]Fst值[http...
FST主要用在两个群体比较,多群体也可以用吧
群体遗传学统计指标——群体间分歧度检验(Fst)基本概念 Fst:群体间遗传分化指数,是种群分化和遗传距离的一种衡量方法,分化指数越大,差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。用于衡量种群分化程度,取值从0到1,为0则认为两...