为发表论文故，测序数据一般需要上传至公共数据库，对我们而言，国外数据库一般选NCBI，国内的可上传至GSA。其中，人遗数据需要上传到GSA-human，其他物种数据上传到GS...
IP属地：上海
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人遗测序数据的备份备案及共享 -
「数据整理」使用tidyr包和dplyr包进行数据清洗最近处理扩增子数据，很多数据需要转化整理，从而适用于ggplot2系列的可视化工作，之前常常在Excel表格中手动整理，今天记录写一下使用tidyr包和dplyr包进行数据整...
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Cell Ontology:解析细胞类型新维度记得在文章CD8+CD28- Treg||我就不信就我一个人觉得现有的细胞群命名有点麻烦和文章单细胞数据科学的十一个重大挑战中，我们提出过传统细胞类型定义的困惑：细胞名称及其...
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如何将WGCNA导出的基因共表达网络进行可视化（cytoscape软件的使用）WGCNA分析过程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一个module里所有基因相互之间的connectivity的weight值，根据这些值你可以将它们之间的...
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pseudocell该如何计算||或谈Seurat的扩展在文章单细胞转录组中的pseudocell又是什么[https://www.jianshu.com/p/038b4cc32883]中，我们介绍了pseudocell的概念，并...
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ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
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配置便捷的开发环境（PyCharm & Jupyter）由于在PyCharm中进行统计整理数据、画图等操作有诸多的不便。在本地的jupyter notebook进行处理又显得步骤繁琐（传输文件），故萌生在服务器搭建jupyter ...
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SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类作者：ahworld链接：SCENIC | 以single-cell RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联...
