写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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VCFtools的使用(参数说明)
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。 软件安装 下载GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本链接在：https://github.com...
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ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制误差棒及显著性标记YanTao 绘制带有误差棒的条形图 绘制带有显著性标记的条形图 绘制两条形图中间带有星号的统计图 为图形添加标题 图形标题有图标题、坐标轴标题、图例标题等 上次有人问坐标轴...
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不同参考基因组之间坐标的转换
litover只能提供一些热门基因组的转换，而西农开发的RGD只有一小部分基因组，不过非常棒的是他们提供了maf文件，这是手动创建chain文件中最耗时间和资源的一步。本文主...
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基于Vcf文件进行基因单倍型分析单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称，在遗传学上是指...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
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SIFT构建本地数据库与注释0.写在前面 SIFT本身内置了许多常见物种的评分数据库，在尝试构建自己的库之前，先在官网找找有没有自己需要的。但是有些库上次更新时间有点吓人。SIFT的下载界面太难找了，官...
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Haploview软件使用-连锁不平衡分析
当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡的状态。目前，连锁不平衡分析...
