发简信
IP属地：台湾
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step0 宏基因组分析从头来
笑死了，我真的笑死了分析的时候发现怎么宏基因组数据这么小，怎么双端300bp,怎么拼接后这么烂才发现用的16s数据，无语无语从新来正好检查一遍，...
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step3 megahit组装
困难重重的拼接，按照软件教程，一直报错 随后咨询了朋友，seqtk排除文件损坏，排除内存不足，最后发现是环境不匹配。用下面代码就成功了 随后使用...
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step2 宿主基因组去除
1、软件配置KneadData 2、宿主基因组下载 3、脚本跑
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step1 宏基因组分析：数据下载+质量控制
step1：aspera下载 step2：质量控制FastQC + Trimmomatic：经典组合 拿一个数据为例 fastqc后会生成一个h...
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好久没写，写个提取GTF信息的
以前写过的方法在；X9信息列因为有些基因没有基因名而错位更新
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cj的院服务器数据下载及平台搭建激活环境 conda activate cj 如何看有啥软件已经安装 conda list aspera下载数据 记得联网（悄悄地） 查找asc...
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R获取KEGG/GO中某一通路所有基因1、通过KEGGREST包来探索KEGG数据库的12大代谢通路 通过观察KEGG官网 ：https://www.genome.jp/kegg/p...
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根据转录组和KEGG代谢基因计算通路活性！！！计算方法是以前初师兄根本文献扒的，后续把文章doi附上！！！KEGG基因list,利用R可以很快扒下来，我后面再更新，百度一下你就知道 准...
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count转fpkm和tpm以下列数据为例子，需要count矩阵并包含基因长度、（没有的话从gtf提取，前面我写过教程） count矩阵读入 count to TPM co...