以前写过的方法在；X9信息列因为有些基因没有基因名而错位更新
发简信
IP属地：吉林
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cj的院服务器数据下载及平台搭建激活环境 conda activate cj 如何看有啥软件已经安装 conda list aspera下载数据 记得联网（悄悄地） 查找ascp钥匙openssh在哪 .....
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@cf7de4c43d4d 结果不是输出为一个列表了吗
R获取KEGG/GO中某一通路所有基因
1、通过KEGGREST包来探索KEGG数据库的12大代谢通路 通过观察KEGG官网 ：https://www.genome.jp/kegg/pathway.html[htt...
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R获取KEGG/GO中某一通路所有基因1、通过KEGGREST包来探索KEGG数据库的12大代谢通路 通过观察KEGG官网 ：https://www.genome.jp/kegg/pathway.html[htt...
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根据转录组和KEGG代谢基因计算通路活性！！！计算方法是以前初师兄根本文献扒的，后续把文章doi附上！！！KEGG基因list,利用R可以很快扒下来，我后面再更新，百度一下你就知道 准备好转录组表达矩阵，KEGG基...
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count转fpkm和tpm以下列数据为例子，需要count矩阵并包含基因长度、（没有的话从gtf提取，前面我写过教程） count矩阵读入 count to TPM count to FPKM FPK...
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转录组服务器配置以大设施anlei01环境为例 1、配置miniconda软件 2、设置环境 建立一个RNA-seq分析环境，这样是为了和其他环境区分开，以免本环境损坏造成其他环境也异常，也...
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越哥服务器上分析流程留存
把sortbam文件全部上传到越哥服务器上给服务器上安装了bedgraphtobw,直接用就行了传文件使用的命令是 1、合并bam 2、bam转bw 3、callpeak
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1.CUT&Tag 数据分析实战（1）跟着官网[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]学习CUT&Tag数据分析，参考：protocol[https://w...
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conda装好软件后库文件缺失问题在学校服务器上conda安装软件后 提示安装成功但是bowtie2报错缺失库文件 由于我是非root用户，权限受限在两位老师@exps和@wandering大佬的指导下解决了...
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越哥cuttag分析代码留存
1、trim_galore去接头及低质量reads 使用nohup挂后台后可以用jobs -l查看 跑完以后在clean文件夹下，会有val_1和val_2生成，同时有一个r...
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@大王_bf6a 大家的服务器不一样，缺什么东西的时候sudo没办法看，给我难受坏了
cellphoneDB呕心沥血下载安装教程
我安装了一天之后快哭了，然后去100块买了个老师指导生信自学要么哭要么花钱，就是我这个垃圾1、安装https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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我的count的行名是转录本id就不行
CellPhoneDB的使用
CellPhoneDB主要分成method、plot、query和database4个模块。 安装成功CellPhoneDB后，要先下载CellphoneDB databas...
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使用aspera高速下载NCBI数据在服务器上conda安装了aspera软件后，需要找到密钥的位置 然后新的问题就是，我必须要去openssh这个文件夹才能下，其他文件夹下绝对路径调用也不行，不知道为什么 数...
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@expgene 我试了好多次，突然发现了关键问题，可以使用count.txt和meta.txt文件，这俩个自己拿excel做都行，但我始终报错的原因好像是因为counts矩阵必须是人的symbol才可以，转录本不行
CellPhoneDB的使用
CellPhoneDB主要分成method、plot、query和database4个模块。 安装成功CellPhoneDB后，要先下载CellphoneDB databas...
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@梦蝶蓝天宇 老师，我看单细胞标准10x的格式使用seurat读入处理后，可以提取保存，但我从只有count.csv这个文件，就不知道该怎么制作meta信息了
适用于scRNA-seq的细胞通讯工具-1：CellphoneDB
先记录一下，我安装过程的惨痛经历😭，希望小伙伴们避免像我一样入坑。起初每一次安装，不论是使用conda还是pip工具，发现安装好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
