前言:进行bulk RNA-seq入门实战首先需要linux环境与R环境配置,Linux环境主要进行RNA-seq上游分析将原始数据转化为基因表达矩阵,R环境则进行RNAse...
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前言:进行bulk RNA-seq入门实战首先需要linux环境与R环境配置,Linux环境主要进行RNA-seq上游分析将原始数据转化为基因表达矩阵,R环境则进行RNAse...
Anaconda | A Faster Solver for Conda: Libmamba[https://www.anaconda.com/blog/a-faster-c...
有时候进行比对的物种没有GTF文件,需要转化GFF为GTF文件才能用于featureCounts计数,这时需要用到gffread这个软件,进行以下操作:
1.1. 制备样品: 1.1.1. 裂解组织: (1)RIPA(组织裂解液)+蛋白酶抑制剂(二者比例:100:1),根据组织大小加入裂解混合液。(以大脑海马和皮层举例,最后总...
设计qPCR引物是一件耗时的事,设计后还得进行实验验证,结果不行的话又要从头再来。其实,很多物种的基因都有现成的、经过验证的引物对,直接就能用,大大减少了工作量~今天整理了几...
在分子实验中,RNA提取是RT-qPCR、RNA-seq等众多下游应用的“第一道关”。然而,提取RNA的方法五花八门,选错了不仅浪费时间,还可能导致样品降解、得率低下或DNA...
刘小泽写于19.12.29 + 2020.1.1这一篇不扯别的,只列我认为比较重点的limma包的知识,所以代码部分可能比较多。但也会用不同的知识点来区分 前言 limma的...
如何使用deeptools处理BAM数据 总体介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具,用于处理诸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq,...