参考这篇ID转换不用怕，clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办，值得一看 简单介绍一下几种常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG开头...
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R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析 -
非模式生物KEGG富集分析写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
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使用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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系统发育基础知识介绍
系统发育学概念 系统发生（或种系发生、系统发育，phylogeny）是指生物形成或进化的历史。系统发生学(phylogenetics)研究物种之间的进化关系，其基本思想是比较...
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【经验】宏基因组的基因定量问题宏基因组的基因定量问题已经困扰我很久啦，今天稍稍梳理了一下，但是还是不大懂，后续分析到底怎么整，什么情况下做基因定量进行差异分析有必要。如果是基因已知数据库的方法，就像MEG...
