一、背景介绍 一个R/MATLAB/Python软件包，用于对单细胞基因调控网络进行虚拟敲除实验。scTenifoldKnk 是一种机器学习工作流程。该方法通过构建基因共表达...
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细胞基因虚拟敲除-scTenifoldKnk -
monocle3拟时分析导读语 你是否想通过单细胞数据揭示细胞命运的动态变化，却对复杂的轨迹分析感到无从下手？本文是一份面向生物信息学初学者的 Monocle3 拟时分析实战指南。文章不仅清晰地对比...
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一文学会单细胞转录组的CellRanger（二）前面说了cellranger安装和一些简单的使用，我们继续看一下cellranger的结果。一文学会单细胞转录组的CellRanger（一） - 简书 (jianshu.co...
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R包安装时报错 package xxx is not available (for R versionXXX)
Warning in install.packages :package ‘STRINGdb’ is not available (for R version 4.0.2) ...
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单细胞量化代谢活性-scMetabolism一、scMetabolism的安装 scMetabolism是一个R包，用于在单细胞分辨率下量化代谢活性，目前只适用于物种是人的单细胞数据。作者推荐使用seurat的数据进行...
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一文学会单细胞转录组的CellRanger（一）一、什么是Cell Ranger？ Cell Ranger 是一组分析管道，用于处理 Chromium 单细胞数据，将fastq原始数据经过比对等、生成表达定量矩阵、执行聚类...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程: Using sctransform in Seurat本教程介绍了Seurat包与sctransform 包一起分析时候的一般方法。首先你也许会问：sctransform包是用来干嘛的？ 这是一个值得关心和探讨的问题，我也将做一...
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ChIP-Seq——MAnorm差异分析
一、 MANorm介绍 MAnorm是一个稳健的模型，用于定量比较 TF（转录因子）或表观遗传修饰的 ChIP-Seq 数据集。MAnorm 使用两个样本的共同峰作为参考来建...
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Seurat的打分函数AddMouduleScore在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函数...
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秘籍 | 惊了，使用aspera下载SRA数据速度高达 291Mb/s
2024年5月20日更新：目前大家可以参考这篇👇，更加方便：生信 | 超便捷！iSeq同时支持快速下载GSA/SRA/ENA的数据[https://www.jianshu.c...
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单细胞免疫组库VDJ——scRepertoire （四）一、介绍 scRepertoire 旨在从 10x Genomics Cell Ranger 管道中获取过滤器 contig 输出，处理该数据以根据两个 TCR 或 Ig 链...
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Rcis Target：基因集找其调控因子和motif写在前面：今天学习了Rcis Target这个包，每一次在学习一个包之前，苦恼和痛苦是不知道这个R包用来do for what？why to do？今天看了https://w...
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这个和服务器网络有关系
KEGGREST使用方法
一、介绍 KEGG[https://www.kegg.jp/kegg/] 是一个数据库资源，用于从分子水平信息，特别是基因组测序和其他高通量产生的大规模分子数据集，了解生物系...
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非模式物种KEGG富集数据库准备（二）一、KEGG数据下载 1、先进入官网：https://www.kegg.jp/[https://www.kegg.jp/] 2、进入KO (KEGG ORTHOLOGY) D...
