导读：无缝克隆技术是时下最流行的质粒构建技术，几乎每个分子生物学实验室都在使用。之前我给大家详细讲解了Gibson Assembly的实验设计和操作流程，那么这次给大家介绍另...
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分子克隆——例子 -
分子克隆辅助小工具最近几期的文章介绍了一些辅助分子克隆实验的小工具，虽然功能很简单，还是费了很大功夫编写，最近确实很忙，不过趁周末终于把他们肝完了，本篇就对这些小工具做一个汇总，以暂时结束本系...
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蛋白物理化学性质及结构域预测
蛋白物理化学性质分析 ORF Finder 亚细胞定位 在线多序列比对 信号肽预测 跨膜结构域预测 二级结构分析 保守结构域预测 3D结构分析
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R与RStudio的安装1.什么是R R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。简单来说，R是一门统计计...
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在线预测蛋白质结构预测蛋白质结构PyMOL 蛋白质是生命活动的体现者，其结构决定着功能。由线性氨基酸组成的蛋白质需要折叠成特定的空间结构才具有相应的生理活性和生物学功能。 解析蛋白质的空间结构...
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生物信息学相关数据库生物信息学数据库可以分为4大类:即基因组数据库、核酸和蛋白质一级结构数据库、生物大分子三维空间结构数据库，当前研究比较热点的集中于基因组、miRNA、LncRNA、circR...
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我只是知识的搬运工~
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宝藏R包：TCGA的转录组数据挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包，写包简化了芯片数据下游分析之后，我正想着写转录组下游分析的简化版，就看到了它。用起来~ 0.R包和数据准备 这里使用的是作者给的示...
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有趣 | 生物狗 如何 不直接地 表达想法写在前面 前面七夕节给大家整了一个“单身狗”游戏插件。我个人觉得还是挺好完的。其实只要是什么相聚或者团圆的节日，单身狗游戏插件都是送礼佳品。很快就教师节。我们必须严肃一点，要...
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BWA使用详解
参考来源：http://starsyi.github.io/2016/05/24/BWA-%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/ 一、BW...
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Fastq-dump: 一个神奇的软件现在可以用fasterq-dump, 速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤...
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BWA比对详解
bwa主要用于将低差异度的短序列（一般是同物种）与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法：backtrack、SW和MEM，第一种只支持短序列比对（<100bp），后两种支...
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学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
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一些生物信息学用到的软件，工具，介绍用法安装以及以及应用的文章 🛠 测序组装使用的Spades、canu等等 🛠 序列比对比如blast、bowtie、diamond等 🛠 多序列比对比如mega、clustalW、matff等 🛠 序列格式转化的samtools、bedtools等等 🛠 可变剪接分析的rMATS、MISO 🛠 微卫星序列查找工具misa等 🛠 call peak的工具macs2 🛠 文献下载工具Sci-hub桌面版 🛠 进化树构建工具IQtree、ggtree等 🛠 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 🛠 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等 🛠 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME 🛠 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST 🛠 可视化工具比如IGV、3D Genome 🛠 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等 🛠 数据可视化的工具circos 等等
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RepeatModeler + RepeatMasker
在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽，目前常用的从头注释pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker。 1. 软件安装 RepeatMask...
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测序的世界测序的世界很奇妙，不同的数据处理可能得出不同的结论，入门生信首先要做的就是了解你的数据还等什么？跟我一起来探索吧～ 测序原理： 早期如何测序呢？ 如果给你这么一串珠子，让你统...
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学习小组笔记Day6-Jocelyn#2020年7月8日学习笔记 学习R包 ##一、安装R包（dplyr） ##二、使用R包之常用的五个基本函数 ##三、使用R包之两个实用功能 ###1、管道操作 *“+”后面...
