如果你曾经使用过nnUNet V1，那你一定明白数据集的命名是有严格要求的，必须按照特定的格式来进行命名才能正常使用。 这一节的学习需要有数据，如果你有自己的数据，可以拿自己...
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nnUNet v2数据准备及格式转换 （二）
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全网都在用的nnUNet V2版本改进了啥，怎么安装？（一）
nnUNet，这个医学领域的分割巨无霸!在论文和比赛中随处可见他的身影。大家对于nnUNet v1版本的教程都赞不绝口，因为它简单易懂、详细全面，让很多朋友都轻松掌握了使用方...
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2023-06-18
大多数医学成像设备以复杂的 DICOM 格式(后缀 .dcm)的变体存储图像。许多科学工具希望医学图像以更简单的 NIfTI 格式（后缀 nii.gz）存储。事实上，我们做深...
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[理论+实操] MONAI&PyTorch 如何进行分布式训练，详细介绍DP和DDP优秀的炼丹师再也不满足单张GPU训练了，总想要迭代的再快点，batchsize再大点。能用3D model 绝不用2D，完了！内存超了，咋办？急， 在线等！！ 为什么要使用分...
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如何使用MONAI构建多分类dataset--直接从文件夹加载数据如图所示，做多类别分类，每个文件夹代表一个类别，所有图像均为NIFTI格式，如何加载进 MONAI 进行训练？ 在这之前，我们来看看 MONAI dataset 加载方法： ...
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医学图像领域--Transformer入门路线推荐本文跟那些长篇大论教你入门的文章大大不同！！ 你读了这些文章，对于小白来讲，原理既难又枯燥，读了等于没读，一样不会用。 这里没有枯燥的理论，没有看不懂的术语，因为这些我也不懂...
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介绍一款 MRI&CT 图像预处理强大工具--FSL
FSL 是什么？ 全名是： FMRIB's Software Library FMRIB 是 英国牛津大学脑功能磁共振成像中心，FSL 则是他们开发的一个软件库。 由 Ste...
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对抗性自动编码器系列--自动编码器AutoEncoder的原理及实现-手写数字的重建前言 先来看看实验： 我们使用 MNIST 手写数字，测试通过自动编码器和对抗性自动编码器学习重建恢复效果。 原始图像：image 自动编码器重建效果image 对抗性自动编...
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第一课第一周12-13节 多任挑战总结前面我们已经学习了如何处理类别不平衡。这节课我们来探讨第二个挑战-多任务挑战 目前为止，我们已经研究了二分类，我们关心的是一个例子是否是有 mass 疾病。 然而，在现实世界...
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如何度量两幅图像的相似度--结构相似度SSIM 原理及代码如何度量两幅图像的相似度--结构相似度SSIM 1. 什么是 SSIM 结构相似性指数（Structural Similarity Index measure，SSIM）用作...
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最全指南】如何在 Jupyter Notebook 中切换/使用 conda 虚拟环境？
服务器上配置有多个 conda 虚拟环境，在使用jupyter notebook时需要使用其中的一个环境，但是其默认还是使用 base 环境。 我们该怎么切换环境呢。 Jup...
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理解Python中super()
文章作者：Tyan博客：noahsnail.com | CSDN | 简书 1. 单继承 在单继承时，super().__init__()与Base.__init__()是一...
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版本不对，努力白费。这是我花了240元买来的教训！与君共勉-Python项目如何生成requirements.txt文件
俗语说，“聪明的人不会两次被同一块石头绊倒。”但事实是，我们尝尝在同一个错误上接二连三地摔跟头。 我！今年在这个跟头上摔了 三次！ 第一次： 这个我之前已经写了文章了。在做k...
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Github 单文件快速下载 -- 使用 DownGit
Github 单文件快速下载 -- DownGit Github 上有很多优秀的项目 经常去 GitHub 学习（copy）的我遇到这样一个问题： 比如，我想只下载这样一个文...
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探究各种学习率策略--模拟学习率变化过程
调整学习速率的方法有很多，如何直观的感受学习率随迭代的变化趋势，以及如何获取当前epoch的学习速率 lr。我们可以把学习速率随 epoch的变化画出来。 从图上可以看出，l...
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如何用excel快速实现“平均值±标准差”如图，论文中，一般都会给出平均值和标准差。 大家在写科技论文的时候，通常用excel来整理数据，那如何用excel快速实现“平均值±标准差”。 要Tina说，这很简单！记住下...
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【实战讲解】使用 Linux alias 为命令设置别名，设置永久别名
每次激活环境都要敲 conda activate xxx，可以敲缩写吗，比如 ca xxx? 每次激活环境都要敲conda activate xxx可以敲缩写吗？ 不知道你是...
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如何快速合并多个CSV / Excel / txt 文件
最近，一个师姐（医学博士）拿到一批相同表头的 CSV 文件，想要它们合并在一起。不会写代码，只能用 EXCEL 打开文件，手动粘贴复制。 但是，又遇到问题了，她的 EXCEL...
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深度学习，分割后处理之通过填补孔洞，提高分割准确度当我们查看分割结果时，会发现分割内部偶尔会出现这种分割孔洞（hole）。 常识告诉我们，这个器官内部是没有孔洞的，因此，我们通过后处理的方法把它填上,可以提高分割准确度。 这...
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