对于二代测序，可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]软件对原始下机数据质量进行全面的统计及绘图，多样本时可进一步结合使...
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三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤 -
使用LFTP+FileZilla向GEO数据库上传数据写在前面向GEO数据库中上传高通量测序的文件可能是一个人研究生阶段必须要经历的过程，如果不太了解高通量测序也不具备linux基本操作的话，可能会费一番工夫。我采用的是LFTP...
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R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示 比较方法 R中常用的比较方...
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CUT&Tag数据分析笔记（2）在开始笔记之前我只想吐槽一下，官网里这一部分的代码错的离谱！！！各种报错报的我怀疑人生。。。 第四节 比对结果过滤和文件格式转换 （一）利用比对质量过滤比对上的【可选步骤】 ...
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蛋白质经泛素-蛋白酶体降解研究基本思路（图文详解）泛素和泛素化介绍 泛素 泛素为含76个氨基酸、大小约为8.6 kDa的小蛋白质，在真核生物中普遍存在且高度保守。人类基因组中的四个基因编码泛素：UBB，UBC，UBA52和R...
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2️⃣ 双序列比对(2)：BLAST详细操作:web版和linux版序列比对和序列特征分析总目录 网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi运行方式：本地或web 基本的BLAST工具包括： bla...
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sam和bam格式文件的shell小练习前期准备: 统计共多少条reads(pair-end reads这里算一条)参与了比对参考基因组 统计共有多少种比对的类型(即第二列数值有多少种)及其分布。 3）筛选出比对失...
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[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可视化1、富集分析的背景知识 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
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如何把从TCGA下载的HTseq count转换成FPKM如果你下载了TCGA数据库里的count数据，想把它转换成FPKM应该怎么做呢？参考文章：１．Htseq Count To Fpkm ２．【原创】R语言实战：read cou...
