本文共分3部分。 首先介绍一下copyKAT原理和使用方法。然后提出一个关于细胞过滤的问题。最后提出一个解决问题的方法供参考。 1.copyKAT及使用简介 copyKAT是...
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用copyKAT推断肿瘤细胞CNV及解决细胞过滤问题 -
edgeR教程里是不是少了一步标准化
没有生物学重复的转录组数据怎么进行差异分析？
设置生物学重复这个环节也是你实验设计很重要的一part，设置的好对你下游分析也有利，通常我们做转录组测序，需要的样本量每组至少为3个生物学重复，这个处理起来就很合理，并且现在...
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R语言学习笔记 -- ggplot2 绘制单侧误差线采用ggplot2绘制误差线默认是上下两个方向均绘出，但有时对于柱状图只显示一个方向的误差线效果更好。想要实现这一目的，可以修改geom_errorbar的ymax/ymin...
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HZAU植科院农学本科毕业生<br>HZAU信息学院生信专业硕士毕业生<br>目前就职于国内某知名药企数据分析岗位<br>主要擅长SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>对爬虫、网站搭建感兴趣<br><br>欢迎一起讨论呀~<br>简书不定时查看，有需要欢迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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【工具】ChatGPT 国内如何体验呢ChatGPT在不久前突然出现在网络和朋友圈中，引起了众多人的关注。 它是美国“开放人工智能研究中心”研发的聊天机器人程序，比微软小冰、小爱同学、Siri等更聪明、更强大。 ...
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这东西只能做一个简单的辅助
ChatGPT 做生信靠谱吗？
火遍全球的ChatGPT真的靠谱吗？ 我们来看看它自己怎么说： ChatGPT是一款基于自然语言处理（NLP）技术的聊天机器人，它可以帮助用户实现自动聊天。它可以根据用户的输...
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单细胞转录组测序中的降维和聚类前言 在以往常规转录组测序中，由于实验生物学重复，同组内测序得到的数据是接近的，通过简单的线性降维PCA主成分分析法，即可得到想要的可视化结果（组内样本聚集，组间样本分离）。...
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dior和diopy这个一个R包一个python模块，可以很方便的转化上诉格式
Converting from Seurat to AnnData via h5Seurat
从rds格式到h5格式https://mojaveazure.github.io/seurat-disk/articles/convert-anndata.html[http...
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不知作者有没有遇到这种情况？设置了30个核心但是会占满服务器所有的核心
future——加速你的单细胞分析
由于单细胞数据本身就具有数据量大的特点，所以在进行单细胞数据分析时往往会出现运行时间太长的问题。 不过好在 Seurat 为我们提供了部分函数与 future 并行计算的链接...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
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轨迹推断、拟时序分析trajectory inference (TI) methods, also called pseudotime analysis 在发育、受到刺激等生命过程中，细胞无时不...
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单细胞两个数据集之间的比较：scmap1 Introduction 随着越来越多的scRNA-seq数据集的产生，在它们之间进行比较就显得非常关键。一个核心的应用是比较不同实验室收集的类似生物来源的数据集，以确保...
