最近在学习摸索单细胞的数据处理，遇到了很多各种各样的问题。这些问题可能在熟悉的小伙伴们看来就是很菜的问题，但是很多时候不碰到这些问题真的很难成长。 这篇blog就是记录cel...
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cellphonedb安装、pip安装失败 -
单细胞转录组数据分析|| pypairs教程：细胞周期推断单细胞转录组技术是来解释细胞状态的有力武器，在分群得到不同细胞类型的划分之前，有时候需要消除细胞周期的影响。毕竟同样的细胞类型也有着不同的状态，细胞周期就是状态之一。 在R中...
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单细胞转录组数据分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具什么是RNA 速率（RNA velocity） RNA速率能够通过叠加剪接信息来推断细胞分化的方向性。 随着令人震惊的发现，未剪接和剪接的mRNA丰度可以在标准的单细prot...
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单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析
SCENIC简介 组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异，转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络（GRNs）决定并维持稳定的。因此分析单细胞的GRNs有助于深入...
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ATAC-Seq 数据分析（上）背景： 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态...
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LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性(the LD Score regression intercept, heritability and genetic correlation)这篇文章是对之前啊啊救救我，为何我的QQ图那么飘（全基因组关联分析）这篇文章的一个补坑。 LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外，还额外补充了怎么计算...
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如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所传递的信息在GWAS研究中，Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图，它们可以把跟研究的性状（比如，基因型和身高）显著相关的基因位点清晰地展现出来，不少读者朋友应该...
