一、简介 本文记录了：单细胞数据分析中绘制气泡图 二、代码部分 加载包 示例数据： 找差异基因，后续作图用的基因。 默认作图 我的气泡图 经挑选后要在热图中展示的基因 取出作...
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Seurat::DotPlot绘图美化-facet方法添加X轴注释标签获取Seurat气泡图的绘图数据 创建x轴分类标签注释 将注释添加到data.usage方便绘图调用 根据需求重排y轴绘图标签顺序 重绘气泡图并基于facet分面方法为x轴添...
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OR计算单细胞组织偏好性输入数据格式，第一行是样本，第二行是细胞类型。 对样本进行分组，分为R组和NR组。 接下来开始分析 计算OR值 Inf设置为最大值4 这部分计算p值 接下来画热图 附录：
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多个单细胞转录组样本数据合并简介 本文记录了：25个样本的barcodes、genes和matrix都在同一个文件夹时导入、合并。 25个样本的barcodes、genes和matrix都在同一个文件夹...
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对各个细胞亚群在各个样本中所占比例进行秩和检验简介 本文记录了：对各个细胞亚群在各个样本中所占比例进行秩和检验，并保存为tiff图像。 示例数据：PBMC 数据有3个样本，9类细胞亚群。 取出细胞亚群和样本。 计算细胞频...
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我的Python常用命令一、库相关 1. 安装库，以安装NumPy库为例 2. 卸载库 3. 导入库 4. 查看指定库，例如NumPy 5. 查看所有库 二、路径 1. 查看当前路径 2. 设置路径...
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TCellSI学习笔记本文记录了：TCellSI这个工具的使用（R语言），平台是Linux。TCellSI: A novel method for T cell state assessment ...
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如何使用VS Code连接云服务器本文记录了：如何使用VS Code连接云服务器；进一步设置了，每一次登录时无需再次“选择平台”和“输入密码”。 如何使用VS Code连接云服务器 安装插件【Remote -...
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生存分析中如何使用最佳阈值进行分组本文记录了：在生存分析中如何通过survminer包进行最佳阈值分组。 1. 查看示例数据“myeloma” 2. 最佳阈值分组 对变量【DEPDC1】进行最佳阈值分组（可同...
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如何更改R包的安装路径本文记录了：R包的安装路径默认在C盘，如何更改【R包的默认安装路径】，更改后如何恢复默认。 1. 先查看当前的R包的安装路径 2. 开始更改R包的安装路径 输入以下代码，打开...
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ggplot2之设置x轴、y轴标签与x轴、y轴的距离本文记录了：ggplot作图如何设置x轴、y轴标签与x轴、y轴的距离；用于增大x轴、y轴标签与x轴、y轴的距离。 0. 加载【ggplot2】包 1. 示例数据 2. 默认作...
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ggplot2之设置绘图区域边框
本文记录了：ggplot作图如何加粗边框的问题；修改这些参数除了加粗边框，还可以有更多的效果。 0. 加载【ggplot2】包 1. 示例数据 2. 默认作图 3. 加粗边框...
