个人记录而已，不盈利，不保证对错，不回简信
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北京大学张泽民院士开发的生信在线分析工具做生信的小伙伴肯定都知道北京大学的张泽民教授这位大佬，如果你还困惑于代码的学习，其实这些大佬开发的在线工具就很好用，比自己花了几天时间处理的公共数据好用多了。这个在线工具开发...
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生信学习优秀代码分享-跟着nature一起学生信学习优秀代码分享-跟着nature一起学 ✨今天我们一起来学习昨天nature发表的这个gene共表达模块，这个可不是WGCNA或者NMF分析哦，是Hotspot，很少听...
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跟着院士团队学习生信分析-优秀学习素材跟着院士团队学习生信分析-优秀学习素材✨首先要说的是这个文章的方法写的非常详细，如果大家有想学习的可以看图5和6，都列出来了。另外想学习单细胞测序、空间转录组测序，和公共数据...
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君子之心事，天青日白；不可使人不知；君子之才华，玉韫珠藏，不可使人易知。
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小弟读过两年书，尘世中一个迷途小书僮<br><br>欢迎访问: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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单细胞 | 单细胞数据格式转换：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蝇的多个组织的单细胞核转录组测序数据，虽然FCA组织提供了多个在线平台（例如SCope）进行非常方便的可视化和多种分析...
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转换后，seurat中的metadata还有保存吗
单细胞-傻瓜式Seurat的rds文件转Scanpy的h5ad文件
在Seurat主导的单细胞世界里，Scanpy算是有点小众了。可是坑爹的是自己还必须用scanpy(谁让流程已经搭建好了，数据已经处理一半了；谁让师兄说这个数据量大R带不起来...
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多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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你好，请问可以分享代码吗
多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony
练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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你好，请问为什么要转换成矩阵和稀疏矩阵呢，我发现数据框读取后就可以CreateSeuratObject了。只需要这两步：TPM <- read.table("All_Embryo_TPM.txt", sep = "\t", header = TRUE)
data.object <- CreateSeuratObject(counts = TPM, project = "test", min.cells = 3, min.features = 200)非10X单细胞测序数据创建Seurat对象CreateSeuratObject
Seurat可以直接读取10X数据，网上也有很多紧跟潮流的相关教程，但是非10X的数据怎么读入呢？很简单~ 首先读入txt文件，转成table；生成matrix矩阵，再转成s...
个人介绍
北京大学PhD在读，记录自己的学习日常🏃
👀热衷于知识分享和知识传播
😋分享优秀的生信分析代码，包括但不限于单细胞组学，空间转录组学，病理组学，影像组学，宏基因组，代谢组学，转录和蛋白质组学
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