感觉100年没有上简书，近2个月忙于毕业论文以及公众号推文，没有时间更文章。终于前几天交了论文呢，可以回来更文了。没错我只是在为我的懒惰寻找接口，今天我们来讲一下桑基图（Sa...
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R数据可视化17:桑基图 -
R: ggtree (一) base导读 ggtree由R语言大神Y叔纸笔，于2018年发表在Molecular Biology and Evolution杂志上，现引用已达407（2019.10.10 goo...
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KEGG数据库：查找某个通路上的所有基因
1.kegg数据库下载 通常我们如果已知某个基因，想对这个基因做通路很简单，直接用kegg的网页注释就可以；如果想知道某个通路里相关的所有基因列表，要找全的话只能从数据库里调...
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从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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TCGA数据整合后进行DESeq2差异表达分析和基于R的多种可视化测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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小鼠基因集-GSKB--R进行GSEA富集分析1. 数据集介绍 由于人类基因集富集分析，有msigdb数据库[https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp]，上面有各种...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
