montreal生信人2018-02-07 大家好!又见面了。本期承接上期进化树作图专题1的内容,和大家分享一下关于进化树图的几种分类。 依据不同规则,树的分类可以有很多种。...
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写在前面绘制某一基因家族的进化树,这是基因组学研究过程中不可缺少的一部分。划分成不同的基因家族的依据一般是其具有某一相同的结构域,下面我将以水稻中GUB_WAK_bind类家...
继续之前还没有完成的内容。因为最近在学习Y叔的R包--ggtree,所以就顺便拿这个内容来进行展示,作为一个例子来记录。nwk树文件和R代码文件我已经放在github:htt...
基因家族树构建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法,构建进化树之前,需要进行多序列比对。 多序列比对 多序列比对的作用是将核酸或者氨基酸序列对齐,使得相同残基的位点位于同一...
一、背景资料 进化树(evolutionary tree)又名系统树(phylogenetie tree)进化树,用来表示物种间亲缘关系远近的树状结构图。在进化树中,各个分类...
1. 软件简介 CFVisual_V2.1软件是一款借助Python语言的matplotlib库和PySide2库进行生物序列结构绘图的数据可视化软件,主要用于生物信...
在基因家族分析中,通过pfam数据库检索获得已知基因家族的hmm模型(隐马模型)是必不可少的一步,最近发现pfam数据库有变动,和大家分享一下。 1. pfam数据库 pfa...