Garnett是一个从单细胞表达数据中实现自动细胞类型分类的软件包。Garnett的工作方式是获取单细胞数据和细胞类型定义(marker)文件，并训练一个基于回归的分类器。一...
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单细胞转录组数据分析||Garnett细胞类型注释工具 -
宝藏R包：TCGA的转录组数据挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包，写包简化了芯片数据下游分析之后，我正想着写转录组下游分析的简化版，就看到了它。用起来~ 0.R包和数据准备 这里使用的是作者给的示...
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CellChat：细胞间相互作用分析利器前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互...
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R数据分析：tableone包的详细使用介绍
tableone是帮助我们快速生成文章中table1表格的一个包，通常来说一篇SCI文章的第一个表都会给出样本的基线情况。而tableone就是可以帮我们快速地汇总描述所有样...
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单细胞转录组数据挖掘推荐数据挖掘推荐 单细胞转录组测序（Single-cell RNA Sequencing ）通过在单个细胞水平上进行测序，解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太...
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使用ggplot2个性化绘制GO富集分析柱状图好久没更新了 今天就更新一波，今天的主题是如何使用ggplot2个性化绘制GO富集分析柱状图。进入正题,为什么选择利用ggplot做图，而没用clusterProfiler自...
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ReactomeGSA：高效的单细胞通路分析工具前情提要： SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架[https://www.jianshu.com/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集结果可视...
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GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...
