首先感谢Y叔的clusterprofiler神包,做富集分析优点是在线爬取数据,结果很可信,但是缺点也是网络问题,网络差点就要等很久,不过GSEA有自带GMT文件,因此下载好...
老师好,请教一个问题,从xena上下载tpm和tcga数据,已经log2(tpm+1),后面转录组差异,可以用limma包吗,困扰了很久。。。期待老师解答
TCGA和GTEx的数据联合分析实战0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较,但在此之前我不知道要怎样在R语言中实现。这个GEPIA的文章里说: The imba...
一从TCGA下载突变信息 这里下载的是maf文件 二把样本根据是否突变分为野生型和突变型 可以看到包含了突变基因和对应的样本 最后 感谢jimmy的生信技能树团队! 感谢导师...