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IP属地：辽宁
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R语言 -- 如何将数据框中具有相同列名或具有相同特征的列名的列整合为一列
背景 当处理临床样本的数据框时，列名是样本名（SID），而有些样本可能来源于同一病人，我们希望将来源于同一病人的数据进行整合（本例为求平均），变为一列，由此生成一个列名为病人...
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gephi中文版(网络分析软件) Gephi下载与安装 功能特色
gephi是一款简单实用的网络分析软件，该软件基于JVM制作，可以帮助用户们在各种网络和复杂系统对数据、链接、社交网络进行分析，让用户们可以轻松获取自己所需的内容，此外软件还...
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Gephi 官方手册：一款关系可视化网络图工具的简明教程Gephi 和网络图 今天要分享的一款网络图工具：Gephi。 你可能没听过 Gephi，但说起百度的 Echarts和阿里的 Antv Data，一定不陌生。 在这两款的数...
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R语言可视化（四十）：网络图绘制40. 网络图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用igraph包绘制网络图 使用ggraph包绘制网络图 使用networkD3包绘制动态网络图
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如何批量预测转录因子
如何批量预测转录因子 前一段时间看文献，想预测转录因子，搜索发现Y叔的clusterProfiler的R包具有批量预测转录因子的功能，用R包自带的数据，可以运行，但是用自己的...
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模型可解释性（SHAP)SHAP含义：观察到某一个样本的预测中各个特征对预测结果产生的影响。 基本思想：计算一个特征加入到模型时的边际贡献，然后考虑到该特征在所有的特征序列的情况下不同的边际贡献，取...
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R语言分析2-2：免疫浸润分析（ssGSEA）ssGSEA是一种常用于免疫细胞浸润分析的方法。该方法通过将每个样本的基因表达数据与特定的基因集（免疫细胞基因集）进行比较，来估计该基因集在该样本中的相对富集程度。 2. 使...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别一、 简述 为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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你好，但是我的ES得分很低，不超过1，那这条通路还有意义吗？还是要把ES得分校准一下，然后用校准后的NES呢？
GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别
一、 简述 为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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你好，计算出来这个ES得分低没有影响吗？
ssGSEA算法原理及应用TCGA数据
zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及应用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
