你好，我是植物系统发育方向的一个硕士生。就是想请教您，利用氨基酸多序列比对数据进行MCMC Tree分歧时间估计的大概流程是怎样的。目前看到的一些方法和教程都是基于核苷酸序列，我这几天一直在做这件事情，终于把数据格式之类的都调对了，运行mcmctree.ctl还是报错，看到有人说应该先运行codeml找模型但是我目前一头雾水，运行了也是报错。所以想请教您一下大致的流程然后有哪些需要注意的地方。
用PLAM下的mcmctree做分歧时间估计用mcmctree做分歧时间估计的时候遇到报错： 问题是序列不符合phylip格式，每个名字没有区分开 1.使用以下命令行将orthofinder处理好的多序列比对结果，fa...
