欢迎关注"生信修炼手册"！ 在GATK4的best practice中，不再像以前那样给出每个步骤对应的代码，而是直接给出了官方使用的pipeline。这些pipeline采...
发简信
IP属地：江苏
-
GATK官方推荐的workflow语言-WDL
-
爬虫抓取OncoKB数据库中肿瘤基因靶向药物信息通过驱动浏览器爬取OncoKB数据库中"基因——肿瘤——靶向药物"等信息。 1. 安装Chrome浏览器，下载并配置ChromeDriver，将其加入到环境变量中。 下图方框...
-
CIBERSORT：反卷积推测bulk中的细胞类型五一学了一个新的分析方法-CIBERSORT，这个包其实很早就想学的，因为现在一般的单细胞文章的套路，很难不用到它，那么它能干什么呢？它能够推测出bulk RNA每一个样本中...
-
cellphoneDB代码及原理简介简介 cellphoneDB作为使用最广泛的单细胞通讯软件之一，已经得到了学者广泛的认可，它的庞大的数据库也一直在更新。简短说一下原理，它是基于 UniProt、Ensemb...
-
TGF-b信号通路 必知必会TGF-b信号通路 文章目录： 1.TGFb信号通路概述 1.1.基本概括 1.2 信号转导通路 2.TGFb受体差异 1.TGFb信号通路概述 1.1.基本概括 TGF-β...
-
seurat-ScaleData()源码解析一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
-
velocyto.R画图中箭头的指向前言 Gene在转录为mRNA的过程中会经历splicing，RNA刚转录出来（此时称之为前体RNA）是没有经历过splicing的，而剪切过的RNA（此时称之为mRNA）从...
-
通过ggh4x调整ggplot2图形刻度ggh4x软件包是ggplot2扩展软件包。它提供了一些不完全符合“图形语法”概念的实用程序功能但在调整ggplots时仍然有用 下面通过几个小例子来展示一下ggh4x的功能...
