严格意义上说遗传进化中的群体结构应该包括PCA、群体进化树和群体STRUCRURE，传统的PCA和群体进化树只能直观的了解群体中个体的分类关系，但无法解释群体间具体的分群数目...
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GWAS | 2.群体结构 structure -
组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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CRISPResso2-基于高通量测序的靶点分析软件
鸽了好久，这段时间一直忙于毕业论文、投文章、博士申请和课题设计，总算都有了着落。今儿这内容也是实验室有需要就做了一下，前面加Barcode、混池测序就不说了，很多公司都清楚，...
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我在简书的第4周年
今天登陆简书的时候看到了一个提示，提醒我已经加入简书4周年了。 不知不觉已经写了将近50多万的字（不计代码），也没有想到原来我加入简书正好是五四。 正如当我的粉丝数达到400...
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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fasta/fq文件处理万能工具——Seqkit学习记录
shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具。之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在seqkit里直接能一行命令就解决。实在是提升效率，整合流程...
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「生信练习题」从SnpEff注释得到的VCF中过滤4DTV位点
在2019年的一篇NG文章"Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies ...
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PBS 作业管理系统
在上一篇中我们非常简单地介绍了在 C 语言中嵌入 mpi4py 程序的方法。 前面我们所给出的各个例程一般都是在单台计算机上直接使用 mpiexec 或 mpirun 执行的...
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Viroblast & Sequenceserver
利用云服务搭建blast服务 使用Apache2 rewrite 重定向主页 sequenceserver 界面更为美观的blast网页应用 使用 apache2设置访问密码
